В Cy8 цепи А:
C8.O2,C8.C2-в сторону малой бороздки
C8.N4,C8.C4-в сторону большой бороздки
остальные атомы основания в плоскости спирали на границе бороздок
в А конформации O2 и C2 в большей бороздке обращены наружу; N4 и C4 обращены вовнутрь;
в Z конформации O2 и C2 в меньшей бороздке обращены вовнутрь; N4 и C4 в большей бороздке обращены наружу;
| | A-форма | B-форма | *Z-форма |
| Тип спирали (правая или левая) | правая | правая | левая |
| Шаг спирали (A) | 28 | 33,8 | 43,5 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки | 18,4(G9:A.P-C36:B.P) | 13,2(C16:A.P-A30:B.P) | 20(C20:A.P-C28:B.P) |
| Ширина малой бороздки | 9,6(G9:A.P-G25:B.P) | 20,6(A30:B.P-A6:A.P) | 23,5(C28:B.P-C8:A.P) |
Торсионные углы(для C8:A):
А:
alpha=-51,7
beta=174,8
gamma=41,7
delta=79
epsilon=-147
ksi=-75
chi=-157
B:
alpha=-29,9
beta=136,2
gamma=31,1
delta=143
epsilon=-140
ksi=-160
chi=-98
В А и В конформациях достаточно близки только значения epsilon и gamma углов.
alpha,beta,gamma-близки к табличным
epsilon,ksi,chi-сильно отличаются
Торсионные углы в ДНК:
Strand I
base alpha beta gamma delta epsilon zeta chi
1 T --- --- -166.7 151.8 -137.3 -85.5 179.9
2 A 148.2 -164.4 162.9 148.2 -164.2 -113.3 -118.2
3 G 25.7 133.5 -31.9 152.8 -142.1 -172.2 -75.1
4 G 80.5 -135.8 -148.8 137.9 -165.7 -88.6 -146.3
5 T -44.5 -171.2 34.5 148.3 -165.8 -129.9 -113.1
6 C 24.8 139.3 -15.6 152.2 -91.4 117.7 -45.4
7 A 104.0 -126.2 159.2 131.8 -145.8 -113.5 -115.3
8 A -26.9 137.5 37.5 124.0 -149.6 -170.8 -108.7
9 A 10.1 124.9 -10.9 149.0 159.9 -120.2 -101.4
10 G -68.2 172.1 61.9 90.3 -152.8 -70.2 -165.6
11 G -78.2 163.8 79.2 89.1 -151.3 -103.6 -168.2
12 T -5.3 154.5 34.9 143.0 -154.6 -121.3 -113.6
13 C -5.0 151.7 2.1 144.9 -98.9 124.4 -77.9
14 A 109.5 -124.5 157.4 152.6 -155.2 -93.6 -126.8
15 G -3.9 -133.5 -62.9 150.2 --- --- -125.6
16 T --- -178.0 171.1 141.8 -132.3 -64.3 -122.8
17 A -33.6 -37.4 -104.2 145.1 -133.8 -115.2 -147.2
18 G 128.8 -128.9 157.1 145.1 -179.7 -136.5 -106.9
19 G 154.4 -161.4 -177.6 147.2 -152.1 -128.5 -142.1
20 T 35.4 133.9 -32.8 157.4 -49.5 130.3 -72.8
21 C -45.1 131.8 -7.6 148.0 -134.7 149.7 -61.0
22 A 108.5 -125.8 175.9 141.9 -144.2 -103.1 -114.9
23 A -32.6 144.8 32.1 116.9 -155.4 -148.9 -106.0
24 A -16.9 141.3 11.1 146.1 176.8 -130.9 -116.0
25 G -24.5 155.5 30.5 87.4 -168.3 -62.8 -158.1
26 G -61.5 -172.3 52.5 148.4 -167.9 -137.2 -124.1
27 T 51.5 -179.2 -55.8 153.3 -164.1 -125.6 -101.0
28 C 17.0 126.0 8.1 151.0 -117.9 133.5 -64.9
29 A 108.7 -132.5 170.3 145.9 -175.7 -113.6 -128.0
30 G 61.3 171.2 -69.2 151.4 --- --- -109.1
Strand II
base alpha beta gamma delta epsilon zeta chi
1 A -60.8 161.2 63.1 144.6 --- --- -98.5
2 T -49.8 -162.8 36.9 145.1 -167.1 -112.2 -92.3
3 C 2.9 -170.3 -32.1 148.9 168.7 -83.4 -113.6
4 C 21.7 -153.9 -68.7 144.3 -164.8 -115.6 -102.2
5 A -61.4 141.0 49.6 142.4 -161.9 -99.7 -109.6
6 G 32.5 -162.1 -86.9 178.3 -127.4 -170.4 -99.1
7 T -48.1 177.7 41.4 148.1 -138.1 -134.2 -99.5
8 T 48.9 177.1 -57.4 159.4 170.3 -102.4 -90.8
9 T -46.4 -166.3 54.2 144.3 -178.9 -123.0 -108.9
10 C -115.4 -122.1 62.4 140.4 169.8 -115.1 -106.0
11 C 51.4 -167.3 -93.5 150.1 143.9 -78.2 -91.3
12 A -79.5 152.9 54.6 152.3 -159.1 -126.6 -101.7
13 G -56.1 153.7 49.2 149.6 -119.9 179.6 -89.9
14 T 28.6 170.8 -61.1 151.7 -146.8 -111.2 -96.5
15 C --- --- -34.2 153.0 -155.1 -95.1 -132.3
16 A 30.4 129.4 2.8 152.6 --- --- -84.8
17 T -27.4 153.2 39.4 143.3 176.6 -139.5 -102.0
18 C 12.8 176.8 -25.9 144.8 -165.6 -129.6 -108.6
19 C -52.9 156.3 47.1 90.0 -179.3 -102.7 -123.1
20 A -65.8 152.4 51.8 143.1 -167.4 -101.9 -99.5
21 G -63.5 160.7 55.1 143.8 -125.4 -170.2 -109.1
22 T -48.3 -175.8 47.9 141.9 -159.9 -107.9 -109.8
23 T 53.5 161.1 -58.7 155.1 162.2 -100.5 -97.5
24 T 143.0 -177.9 -176.5 146.4 -173.2 -115.6 -126.4
25 C -39.5 -61.2 -107.7 155.7 -160.4 -105.2 -137.2
26 C 73.3 -150.6 -124.9 160.8 -141.3 -52.2 -111.8
27 A -83.0 150.9 47.5 152.3 -153.2 -130.1 -106.6
28 G -60.8 174.2 42.4 153.2 -106.4 166.6 -81.4
29 T -63.4 174.0 43.6 129.5 -154.1 -103.9 -119.1
30 C --- --- 65.2 137.4 -159.7 -81.3 -118.3
Средние значения торсионных углов в ДНК:
Strand 1
alpha=25,8
beta=7,3
gamma=21,8
delta=139,8
epsilon=-122
ksi=71,2
chi=-103,2
От среднего сильно отклоняются A2 и 19G.
Strand 2
alpha=-18,7
beta=37,6
gamma=-2,45
delta=146,75
epsilon=-81,8
ksi=-88,3
chi=-105,6
Сильнее всего отклоняются от средних значений углов C10 и T24.
РНК:
G523.O6(в стебле), возможно, взаимодейтсвует с C509.N4(не в стебле) в обеих цепях C и D
В стеблях находятся остатаки(в обеих цепях):501-508, 510-514, 518-520, 522-532, 538-544, 548-558, 561-572. Можно видеть, что крупных неструктурированных участков нет, РНК имеет достаточно упорядоченное строение.
Неканонические пары (в обеих цепях одинаковые):
G502-U571
U555-G518
A538-C532
A544-G526
U513-G522
U520-C548
Наибольшее перекрывание у пар(в обеих цепях):
G502-U571 с C503-G570(стр.2)
G540-C530 с C541-G529(стр.18)
Наименьшее перекрывание у структуры 7( пары оснований располагаются под углом около 30гр.; пары с наибольшим перекрыванием практически параллельны друг другу)