Term 2

Start

Resume

Текст скрипта доступен здесь

Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре
#	Имена атомов	Длина связи (А)	Угол N-O-C (°)
Альфа-спирали
1	N(107ALA)- O(103ALA)	2.95	154.4
2	N(108LEY)- O(104MET)	2.89	162.3
3	N(109GLU)- O(105MET)	2.88	163.4
4	N(110VAL)- O(106HIS)	3.15	157.8
5	N(111LEY)- O(107ALA)	3.04	163.8
Среднее значение		2.98	160.3
Бета-тяжи
1	N(34ARG)- O(51ARG)	2.88	154.6
2	N(51ARG)- O(34ARG)	3.08	145.9
3	N(36HIS)- O(49VAL)	2.78	148.4
4	N(49VAL)- O(36HIS)	2.94	145.4
5	N(38TYR)- O(47ARG)	2.82	162.5
Среднее значение		2.9	151.4

По данным таблицы мы видим, что средняя длина водородной связи в альфа-спирали составляет 2.98 Ангстрема, в бета-слоях - 2.9. Эти значения соответствуют теоретическим данным (около 3 - 3,5 Ангстрем). Средние значения углов (N - O - C) в различных типах вторичных структур несколько различаются - 160.3 в альфа-спирали и 151.4 в бета-слое. Различие углов, вероятно, связано с особенностями пространственной организации водородных связей.

Источники:
[1] Основы биохимии Ленинджера: в 3 т. Т. 1 / Д. Нельсон, М. Кокс; пер. с англ., 2012
[2] https://www.rcsb.org/structure/5naj

Визуализация молекулы 5NAJ в JMol