Банки нуклеотидных последовательностей

Задание 1. Качество сборки генома эукариотического организма

Название: Пещерный крылан (Eonycteris spelaea)
Число сборок генома: 1
Основная информация по сборке Espe.v1:

Общая длина (последовательность) 1 966 861 576
Число контигов сборки 4 469
N50 и L50 8 002 591 и 70 соответствено
Число аннотированных белков 117
Публикация с описанием проекта PRJNA427241
Последовательность контига PUFA01000002.1 ссылка



Краткая характеристика организма: пещерная нектарная летучая мышь; научное название вида
впервые опубликовано Добсоном в 1871 году.
Голова и тело имеют характерную длину 8.5 - 11 см, хвост 1.5 - 1.8 см
Встречается чаще в лесах, но может жить и на сельскохозяйственных угодьях

WGS PUFA01000001-PUFA01004469

Задание 2. Описание семи ключей, используемых в таблицах особенностей

Название Описание Пример
CDS Кодирующая последовательность; последовательность нуклеотидов,
которой соответствует последовательность аминокислот в белке ; содержит
информацию о продукте гена, функции; названии, координатах гена и др. 
 		      /allele="text"
                      /artificial_location="[artificial_location_value]"
                      /citation=[number]
                      /codon_start=<1 or 2 or 3>
                      /db_xref=":"
                      /EC_number="text"
                      /exception="[exception_value]"
                      /experiment="[CATEGORY:]text"
                      /function="text"
                      /gene="text"
                      /gene_synonym="text"
                      /inference="[CATEGORY:]TYPE[ (same species)][:EVIDENCE_BASIS]"
                      /locus_tag="text" (single token)
                      /map="text"
                      /note="text"
                      /number=unquoted text (single token)
                      /old_locus_tag="text" (single token)
                      /operon="text"
                      /product="text"
                      /protein_id=""
                      /pseudo
                      /pseudogene="TYPE"
                      /ribosomal_slippage
                      /standard_name="text"
                      /translation="text"
                      /transl_except=(pos:,aa:)
                      /transl_table =
                      /trans_splicing

Пример из раздела help
CDS             212..8668                                                       
                     /gene="NF1"                                                     
                     /note="putative"                                                
                     /codon_start=1                                                  
                     /product="GAP-related protein"                                  
                     /protein_id="AAA59924.1"                                        
                     /translation="MAAHRPVEWVQAVVSRFDEQLPIKTGQQNTHTKVSTE..
C_region Константный участок легкой и тяжелой цепей иммуноглобулинов, а также
альфа, бета и гамма цепей Т-клеточного рецептора; включает 1 и более экзонов
в зависимости от каждой конкретной цепи 
Optional qualifiers   /allele="text"
                      /citation=[number]
                      /db_xref=":"
                      /experiment="[CATEGORY:]text"
                      /gene="text"
                      /gene_synonym="text"
                      /inference="[CATEGORY:]TYPE[ (same species)][:EVIDENCE_BASIS]"
                      /locus_tag="text" (single token)
                      /map="text"
                      /note="text"
                      /old_locus_tag="text" (single token)
                      /product="text"
                      /pseudo
                      /pseudogene="TYPE"
                      /standard_name="text" 
Ссылка на запись
 C_region        join(14002..14280,14849..14914,15573..15685)
                     /standard_name="TCR delta chain constant region"
mobile_element Участок генома, содержащий в себе мобильный элемент
Optional qualifiers   /allele="text"
                      /citation=[number]
                      /db_xref=":" 
                      /experiment="[CATEGORY:]text"
                      /function="text"
                      /gene="text"
                      /gene_synonym="text"
                      /inference="[CATEGORY:]TYPE[ (same species)][:EVIDENCE_BASIS]"
                      /locus_tag="text" (single token)
                      /map="text"
                      /note="text"
                      /old_locus_tag="text" (single token)
                      /rpt_family="text"
                      /rpt_type=
                      /standard_name="text"
 
Ссылка на запись
 mobile_element  1179..4322
                     /note="YCLWTy5-1; Ty5 element, LTR retrotransposon of the
                     Copia (Pseudoviridae) group; this is the only near-full
                     length Ty5 retrotransposon in S288C and it is
                     non-functional"
                     /mobile_element_type="retrotransposon:YCLWTy5-1"
                     /db_xref="SGD:S000006831"
exon Участок генома, кодирующий сплайсирующийся участок mRNA, rRNA или tRNA; может содержать 5' некодирующие области, белок кодирующие последовательности, а также 3' некодирующие области 
Optional qualifiers   /allele="text"
                      /citation=[number]
                      /db_xref=":"
                      /EC_number="text"
                      /experiment="[CATEGORY:]text"
                      /function="text"
                      /gene="text"
                      /gene_synonym="text"
                      /inference="[CATEGORY:]TYPE[ (same species)][:EVIDENCE_BASIS]"
                      /locus_tag="text" (single token)
                      /map="text"
                      /note="text"
                      /number=unquoted text (single token)
                      /old_locus_tag="text" (single token)
                      /product="text"
                      /pseudo
                      /pseudogene="TYPE"
                      /standard_name="text"
                      /trans_splicing
 
Ссылка на запись
  exon            97686..97955
                     /product="TCR alpha chain constant region"
                     /note="putative"
                     /citation=[1]
                     /number=1
rep_origin Начало репликации; стартовый участок дупликации нуклеиновой кислоты
Optional Qualifiers   /allele="text"
                      /citation=[number]
                      /db_xref=":"
                      /direction=value
                      /experiment="[CATEGORY:]text"
                      /function="text"
                      /gene="text"
                      /gene_synonym="text"
                      /inference="[CATEGORY:]TYPE[ (same species)][:EVIDENCE_BASIS]"
                      /locus_tag="text" (single token)
                      /map="text"
                      /note="text"
                      /old_locus_tag="text" (single token)
                      /standard_name="text"
 
Ссылка на запись
 rep_origin      14575..14849
                     /note="ARS302;
                     Inactive replication origin linked to the silent mating
                     type locus HML; functions as a transcriptional silencer"
                     /db_xref="SGD:S000028478"
J_segment Линкерный сегмент легкой и тяжелой цепей иммуноглобулинов, а также альфа, бета и гамма
цепей Т-клеточного рецептора 
Optional qualifiers   /allele="text"
                      /citation=[number]
                      /db_xref=":"
                      /experiment="[CATEGORY:]text"
                      /gene="text"
                      /gene_synonym="text"
                      /inference="[CATEGORY:]TYPE[ (same species)][:EVIDENCE_BASIS]"
                      /locus_tag="text" (single token)
                      /map="text"
                      /note="text"
                      /old_locus_tag="text" (single toOptional qualifiers   /allele="text"
                      /citation=[number]
                      /db_xref=":"
                      /experiment="[CATEGORY:]text"
                      /function="text"
                      /inference="[CATEGORY:]TYPE[ (same species)][:EVIDENCE_BASIS]"
                      /map="text"
                      /note="text"
                      /phenotype="text"
                      /pseudo
                      /pseudogene="TYPE"
                      /standard_name="text"ken)
                      /product="text"
                      /pseudo
                      /pseudogene="TYPE"
                      /standard_name="text"
 
Ссылка на запись
J_segment       51609..51665
                     /standard_name="possible TCRAJ 40 gene segment"
misc_RNA Какой-либо транскрипт или РНК-продукт,
который не может быть определен другими РНК-ключами
(prim_transcript, precursor_RNA, mRNA,
5'UTR, 3'UTR, exon, CDS, sig_peptide, transit_peptide,
mat_peptide, intron, polyA_site, ncRNA, rRNA and tRNA) 
Optional qualifiers   /allele="text"
                      /citation=[number]
                      /db_xref=":"
                      /experiment="[CATEGORY:]text"
                      /function="text"
                      /gene="text"
                      /gene_synonym="text"
                      /inference="[CATEGORY:]TYPE[ (same species)][:EVIDENCE_BASIS]"
                      /locus_tag="text" (single token)
                      /map="text"
                      /note="text"
                      /old_locus_tag="text" (single token)
                      /operon="text"
                      /product="text"
                      /pseudo
                      /pseudogene="TYPE"
                      /standard_name="text"
                      /trans_splicing
 
Ссылка на страницу с записью
misc_RNA        complement(476684..476779)
                     /product="purine riboswitch"

Задание 3. Геномный проект Genome 10K

Цель: cеквенирование 10 000 геномов позвоночных, что создаст основу для разнообразных исследований

Сообщество ученых Genome 10K было основано Дэвидом Хаусслером, Оливером Райдером
и Стивеном О'Брайеном в апреле 2009 года на встрече в Калифорнийском университете (Санта-Крус)



В числе первых участников встречи были 55 ведущих ученых, представляющих крупные зоопарки, музеи,
исследовательские центры и университеты по всему миру. Genome 10K вырос, и по состоянию на 2017 год включает
проект генома позвоночных (Vertebrate Genomes Project, VGP)
Миссия G10K-VGP заключается в создании высококачественных геномов всех видов позвоночных животных, с минимумом ошибок


Cсылка на страницу: здесь


Oрганизация Сообщество ученых G10K (G10kCOS) представляет более 150 членов в более чем 50 учреждениях
Инфраструктура консорциума охватывает целый ряд задач: от сбора проб до секвенирования генома,
его сборки, аннотации, выравнивания, публикации общедоступных данных

G10KCOS представляет следующие таксономические группы:
- Млекопитающие
- Птицы
- Рыбы
- Рептилии
- Приматы
- Земноводные
- Беспозвоночные / Другие

Направления и виды деятельности в рамках проекта:
- Сборка геномов
- Выравнивание геномов, аннотация
- Филогенетический анализ
- Сравнительная геномика
- Сектор компьютерных вычислений (информатика)
- Сбор средств
- Интернет-деятельность
- Организация ежегодных совещаний

Планируемое число геномов: 10 000
Год завершения: 2015
Состояние на 2017 год: проект G10K успешно справился с поставленной задачей (10 000 геномов позвоночных);
далее было запланировано расширить проект до VGP (66 000 геномов)

Кстати, по состоянию на 13 сентября 2018 VGP "выпущено" 15 высококачественных референсных геномов

Последняя публикация по проекту (PubMed): ссылка


Задание 4. Таблица митохондриальных генов

Текст запроса при поиске:
tax_tree(32443) AND mol_type="genomic DNA" AND topology="CIRCULAR" AND organelle="mitochondrion"
Sequence: KF703755.1
Общая длина последовательности: 16 536
Был произведен поиск по ENA на сайте EBI,
в результате чего было получено 24 находки в Update и 4 372 находки в Release
В качестве представителя таксона был выбран организм Hippocampus kelloggi (great seahorse), иначе говоря, -
Великий морской конь, также известный как Морской конь Келлог



Таблицу митохондриальных генов морского конька вы можете загрузить, кликнув по ссылке
На рисунке ниже представлено расположение соответствующих кодирующих участков в геноме; в рассматриваемой записи было представлено 13 белковых продуктов


© Беляева Юлия, 2018