Матрицы аминокислотных замен. Карта локального сходства.

Задание 1

Название	ID	AC
Poliovirus type 1 (strain Mahoney)	POLG_POL1M	P03300; P03299; Q84879; Q84880; Q89679
Foot-and-mouth disease virus (isolate -/Germany/A5Westerwald/1951 serotype A) (FMDV)	POLG_FMDV5	P03307; Q6PN05;

Карта локального сходства

a) Характеристики лучших выравниваний

	с .. По ..	проценты идентичных	сходных	длину участков в обоих белках	число гэпов	вес
1	1684 to 2327	29%	49%	P03300 614 P03307 643	59/659(8%)	254 bits(648
2	953 to 1383	30%	44%	P03300 409 P03307 430	71/456(15%)	159 bits(402)

b)

Номер выравнивания	AC	участок полипротеина	Участок зрелого белка	Название зрелого белка
1	P03300	1594 TO 2208	1544 to 1565	Viral protein genome-linked
			1566 to 2209	Protein 3CD.
	P03307	1684 to 2327	1650 to 1862	Picornain 3C
			1863 to 2332	RNA-directed RNA polymerase 3D-POL
2	P03300	1010 TO 1419	882 to 1030	Protease 2A
			1031 to 1127	Protein 2B
			1128 to 1456	Protein 2C
	P03307	953 to 1383	954 to 1107	Protein 2B
			1108 to 1425	Protein 2C

Задание 2

1.
их идентификаторы	6PGD_BACSU	6PGD_ECOLI
вес выравнивания	1719.0
медиану	61
верхний квартиль весов "случайных" выравниваний	71.5
вероятность получить такое же или лучшее выравнивание по случайным причинам	1.46*10^(-48)
2.
их идентификаторы	DACB_ECOLI	YWPF_BACSU
вес выравнивания	34.0
медиану	34.25
верхний квартиль весов "случайных" выравниваний	37.75
вероятность получить такое же или лучшее выравнивание по случайным причинам	0.5253

Задание 3

ID	ANE88985.1
Номер	ID белка гомолога	AC в Swiss-Prot	Организм, откуда взят белок	проценты идентичных	сходных	длина участко в обоих белках	число гэпов	вес	Expect	Процент покрытия выравниванием
1	P05806.2	P05806	Bacillus cereus	551/566(97%)	559/566(98%)	566	0/566(0%)	1121 bits(2899)	0.0	100%
2	D5DEH5.1	D5DEH5; Q00891	Bacillus megaterium (strain DSM 319)	409/564(73%)	472/564(83%)	Query 563 Sbjct 557	6/564(1%)	835 bits(2156)	0.0	99.47%

© Бердникович Екатерина, 2017