Выравнивания Агоити-сигнального белка (Agouti-signaling protein), построенные разными программами (needle, water, muscle).

Общие слова

  • Canis lupus familiaris (Dog)

  • Felis catus (Cat)

    • organizm protein ID name of protein
    Canis lupus familiaris (Dog) (Canis familiaris) ASIP_CANLF Full=Agouti-signaling protein
    Felis catus (Cat) (Felis silvestris catus) ASIP_FELCA

    Проект выравнивания в Jalview вы можете скачать вот здесь.

    Выравнивания получаются абсолютно одинаковые, видимо, из-за полной гомологии белков. Во множественное выравнивание я включила такой же белок, но человека (ASIP_HUMAN). Выравнивания получились все равно индентичными.

    Выравнивания второй субъединицы цитохрома C оксидазы (Cytochrome c oxidase subunit 2), построенные разными программами (needle, water, muscle).

    Общие слова

  • Branchiostoma lanceolatum (Common lancelet)

  • Ctenocephalides felis (Cat flea)

    • organizm protein ID name of protein common taxonomi
    Branchiostoma lanceolatum (Common lancelet) COX2_BRALA Cytochrome c oxidase subunit 2 Eukaryota; Metazoa;
    Ctenocephalides felis (Cat flea) COX2_CTEFE  
    muscle COX3_BRALA Cytochrome c oxidase subunit 3 

    Проект выравнивания в Jalview с раскраской по проценту индентичности и по Clustal вы можете скачать здесь.

    Выравнивая всеми тремя программами получаются очень сходными, ввиду множества блоков в последовательностях. В проекте раскрашенном по проценту индентичности, видно, что преобладает ярко-синий цвет, т.е. белок имеет достаточно консервативную структуру. Даже у таких эволюционно далеко стоящих организмов, как блоха и ланцетник, этот белок сохраняет свою последовательность. Результаты варвниваний не сходятся только в самом конце. Сомнений в гомологии этих белков быть не может. Только при выравнивании несхожих участков проступает разница между "видами" выравниваний. В конце (263:284) явно выделяется локальное выравнивание. Оно и понятно, ведь дальше идет негомологичный кусок, а программа water "имеет право" не выравнивать этот кусок, а его просто отбросить (на то оно и LOCALное). В случае с "muscle" я выровняла с другой субъединицей (3), вероятнее всего поэтому программа в конце сопоставила ISS к LNM и NS к KR. Программа глобального выравнивания учитывала только два белка и сопоставила LDEES- ISSNS.

    © Бердникович Екатерина, 2017