1. Глобальное парное выравнивание гомологичных белков

Protein Name ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels
6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating 6PGD_BACSU 6PGD_ECOLI 1718.0 70.0% 83.4% 0.6% 3
Putative regulator AbrB ABRB_BACSU ABRB_ECOLI 5.0 0.5% 0.9% 97.2% 2
Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha ACCA_BACSU ACCA_ECOLI 814.5 51.1% 66.0% 4.3% 4

2. Локальное парное выравнивание гомологичных белков

Protein Name ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels Coverage 1 Coverage 2
6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating 6PGD_BACSU 6PGD_ECOLI 1719.0 70.1 83.6 0.6 3 99.8 99.6
Putative regulator AbrB ABRB_BACSU ABRB_ECOLI 27.0 36.4 81.8 0.0 0 90.9 90.9
Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha ACCA_BACSU ACCA_ECOLI 823.5 53.8 69.6 1.0 2 98.7 99.7

3. Результат применения программ выравнивания к неродственным белкам

Alignment Protein Name 1 ID 1 Protein Name2 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels Coverage 1 Coverage 2
local D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase DacB DACB_ECOLI Uncharacterized protein YwpF YWPF_BACSU 34 23,60 35 21,1 6 93,5 83,7
global         20,5 7 10,2 77,4 11 - -

4. Сохранение выравнивания в fasta-формате и импорт в Jalview

  • Глобальное выравнивание белков 6PGD_BACSU и 6PGD_ECOLI в виде проекта Jalview

    • 5. Множественное выравнивание белков

  • Множественное выравнивание белков 6PGD_BACSU, 6PGD_ECOLI, 6PGD_PIG, 6PGD_MOUSE, 6PGD_HUMAN, 6PGD_STAAC, 6PGD_STAAR в виде проекта Jalview

    • Описание: Всего с мнемоникой функции 6PGD_ встретилось 53 идентификатора. Все выбранные белки дали на удивление хорошее выравнивание, за исключением белка 6-фосфоглюконата дегдрогеназы свиньи (процент покрытия выравниванием, относительно других организмов, в этом случае примерно 50). Получается у свиньи от этого белка остался маленький участок длинной в 250 аминокислот. Часто отдельные аминокислоты в последовательности у ecoli не совпадают со всеми остальными даже на самых консервативных участках. По-моему мнению, все белки в данном наборе гомологичны. У выравнивания есть хорошо выраженная структура: где-то в промежутке 1-230 структура белка не консервативна, но затем процент совпадений резко увеличивается. Если обратить внимание на промежуток 470-484, то видно, что у всех бактерий он не совпал с млекопитающими.

    © Бердникович Екатерина, 2017