В сторону большой бороздки обращены атомы G6.N1, .C2, .N2, .N3, .C4, .N9
В сторону малой бороздки обращены атомы G6.C6, .O6, .C5, .N7, .C8
| A-форма | B-форма | Z-форма | |
| Тип спирали (правая или левая) | правозакрученная | правозакрученная | левозакрученная |
| Шаг спирали | 28 | 34 | 38 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 11 |
| Ширина большой бороздки | 16,81 | 17,2 | 15,17 |
| Ширина малой бороздки | 7,98 | 11,69 | 9,87 |
| Номер фосфата | 31 | 11 | 8 |
В данной транспортной РНК (ответственной за транспорт фенилаланина PDBID:1evv) были вычислены торсионные углы с помощью find_pair -t 1evv_old.pdb stdout | analyze и в файле 1evv_old.out под заголовком "Main chain and chi torsion angles" были посчитаны торсионные углы. затем у каждого угла было найдено среднее арифметическое по обеим цепочкам. Полученные данные приведены в таблице:
| t-RNA | alpha | beta | gamma | delta | epsilon | zeta | chi |
| Avarage | -43 | 71 | 48 | 90 | -147 | -72 | -147 |
| a-DNA | -62 | 173 | 52 | 88 | 178 | -50 | -160 |
| b-DNA | -63 | 171 | 54 | 131/123 | 155 | -90 | -117 |
Таким образом видно, что структура тРНК больше похожа на структуру аДНК.
Координаты стеблей
| Координаты стеблей | 1 цепь | 2 цепь | Как по настоящему | названия стеблей |
| 1-7 | 72-66 | 1-7/72-66 | акцепторный стебель | |
| 49-53 | 61-65 | 49-52/65-62 | Т-стебель | |
| 36-44 | 33-26 | 31-27/39-43 | Антикодоновый стебель | |
| 10-13 | 25-22 | 10-13/25-22 | D стебель |
Неканонический пары (в файле обозн. *):
| 1 цепь | 2 цепь |
| 4G | 69U |
| 54 5MU | 58 1MA |
| 55 PSU | 18 G |
| 36A* | 33U* |
| 38A | 32OMC |
| 39 PSU | 31A |
| 44A | 26M2G |
| 14A* | 8U* |
| 15G | 48C |
Неканоническая пара A-U возникают из-за неправильного расположения азотистых оснований относительно друг-друга
Неканоническая 36A-33U основания повернуты друг к другу другими сторонами.
Неканоническая 14A-8U, аналогично не могут образовать канонической пары из-за того что повернуты другой стороной.
Дополнительные связи (обозн. +)
| 1 цепь | 2 цепь |
| 55psu | 18g |
| 14a | 8u |
| 15g | 48c |
| 19g | 56c |
| 55p-54t | 18g-58a |
Изображение перекрывания полученное с помощью "ex_str -13 stacking.pdb step13.pdb" и "stack2img -cdolt step13.pdb step13.ps"
| 44A-10G | 26G-25C |
Изображение перекрывания полученное с помощью "ex_str -22 stacking.pdb step22.pdb" и "stack2img -cdolt step22.pdb step22.ps"
Если попробовать построить некоторые другие перекрывания с 0.000 перекрыванием (такие как Model 14: (55P 36A /33U 18G)), то программа stack2img пишет "Segmentation fault". Возможно из-за того, что в stacking.pdb файле именно напротив этой структуры написано "-- the following step is unlikely in stacking geometry!"
Разбираем тогда следующую структуру с 0-ым перекрыванием (такие как Model 15: (36A 38A /33U 32OMC), программа аналогично "отговаривается" и не строит структуру в .ps формате, хотя в файле stacking.pdb такая структура не помечена "-- the following step is unlikely in stacking geometry!".