Упр1.1 Характеристика качества сборки генома Акрогрегаринового карлика

Немного о:

Acrobeloides nanus- червяк округлой формы. Про него мало что есть в интернете, видимо его жизнь никого не интересует((.

Ссылка на публикацию с описанием проекта.

Ссылка на последовательность одного из контигов.(FASTA)

Упр1.2 Характеристика качества сборки генома Тигрохвостового морского конька.

Немного о:

Hippocampus comes (лат.) — вид лучепёрых рыб семейства игловых (Syngnathidae). Относится к уязвимым видам.

Голова расположена под прямым углом к телу. Рыло рыбы удлиненное, рот трубчатый, что позволяет всасывать пищу. Питается планктоном, кораллами, маленькими креветками и мелкими рыбами. Длина рыла 2,2 длины головы. Тело морского конька покрыто костными пластинками. Плавают вертикально. Размер этого вида составляет примерно 15 см в длину, самцы значительно крупнее самок. Максимальный размер составляет 18,7 см.

Наиболее распространённые цвета — чередование жёлтого и чёрного. Хвост полосатый — от брюха до кончика. Особенностью морского конька является то, что он не имеет постоянного цвета. Данный вид может менять свою окраску в зависимости от окружающей среды, рациона питания, а также в минуты опасности. Продолжительность жизни в дикой природе от 1 до 5 лет, в неволе живут до 1,5 лет

Ссылка на публикацию с описанием проекта.

Ссылка на последовательность одного из контигов.(FASTA)

Упр2. Описание семи ключей, используемых в таблицах особенностей.

1. Зрелая(?) рибсомальная РНК. РНК-компонента рибонуклеопротеина (рибосомы), который собирает аминокислоты в белки. пример:

     rRNA            72..1010
                     /product="s-rRNA"
                     /note="12S ribosomal RNA"

2.Помеченный сайт последовательности: короткая, единичная ДНК последовательность которая характеризуется определенной "разметкой" и может быть обнаружена с помощью ПЦР. Участок генома может быть отображен с помощью определения порядка STSs. STS координаты включают праймеры в primer_bind ключе или праймерах. пример:5

     STS             3208..3401
                     /standard_name="RH136367"
                     /db_xref="UniSTS:210357"

3.Биологически интригующий участок который не может быть описан с помощью других ключей (либо новье, либо встречается слишком редко) пример:

     misc_feature    join(16315..17009,1..865)
                     /note="control region; CR"

4.rep_origin Начало репликации (старт-сайт для дубликации нуклеиновой кислоты для производства двух идентичных копий) Направления репликации могут быть различными: и вправо, и влево, и в обоих направлениях. пример:

     rep_origin      5163..5194
                     /note="for L-strand"

5. Транскрибируемый участок ДНК, но впоследствии удаляющийся сплайсингом. пример:

     intron          join(3154..3476,15129..15223)
                     /gene="ND5"
                     /note="group I intron"

6. Участок генома включающий в себя повторяющиеся единицы. пример:

     repeat_region   7102..7113
                     /locus_tag="Bodo_v3:repeat:20721623-20721635"
 

7. Участок представляющий биологический иинтерес как теломера (который экспериментально охарактеризован). Фича telomere описывает интервал ДНК который соответствует специфической структуре на конце линейной эукариотической хромосомы. Таккая структура предназначена для сохранения целостности и постоянства конца хромосомы. Этот участок ункален по сравнению с остальной хромосомой и символизирует физический конец хромосомы. пример:

     telomere        complement(1..552)
                     /note="Chromosome I left end terminal telomere repeat.
                     Composed of an estimated 20 copies of a 24 base repeat
                     unit, and occasionally sequence variants of this repeat."
                     /rpt_type=direct
                     /rpt_type=tandem
                     /rpt_type=terminal
                     /rpt_unit_range=62..85
                     /rpt_unit_seq="ggtgtggtgtatgggtctctcagc"
из: Eremothecium gossypii ATCC 10895 chromosome I, complete sequence.(NCBI Reference Sequence:NC_005782.2)

Упр3.

Название проекта: Vertebrate Genomes Project Цель: Создать почти безошибочные сборки геномов всех 66 000 позвоночных животных. Эти геномы будут использоваться для решения фундаментальных вопросов в биологии и заболеваниях, для идентификации вымирающих видов на основе генетики и для сохранения генетической информации жизни. Год начала: International Vertebrate Genomes Project выпустил первые 15 высококачественных генома 13 сентября 2018 г.

Ссылка на страницу проекта

последняя публикация по проекту (ссылка на PubMed).

Название проекта: 5,000 Insect Genome Project (i5k) Launched Цель: «Улучшить нашу жизнь», с помощью лучшего понимания биологии насекомых и увеличения контроля над членистоногими, которые угрожают нашему здоровью, продовольствию и экономической безопасности. Год начала: June 15, 2011 Год окончания: ~2016

Ссылка на страницу проекта

Последняя публикация по проекту (ссылка на PubMed).

Упр4. Таблица митохондриальных геномов Tunicata

Где искали: ENA; Текст запроса: 'tax_tree(7712) AND mol_type="genomic DNA" AND topology="CIRCULAR" AND organelle="mitochondrion"' Находки в Release 42, в Update 0; выбранный организм: название: Styela plicata AC выбранной записи банка: AM292601

Ссылка на таблицу

На случай если гугл таблицы тупят:

Учебная почта