Идентификатор КОГa: COG3227
Величину e-value для отнесения белка к данному КОГу: 2.48e-164
С какого по какой остаток вашего белка в нем обнаруживается КОГ: 1-566
Количество всего в белке остатков: 566
Название КОГа и функциональная категория на английском языке:
Zn-dependent metalloprotease (Цинк-зависимая металлопротеаза)
Перевод названия КОГа и функциональной категории на русский язык: O
[ Post-translational modification, protein turnover, and chaperones]
пост-трансляционная модификация, белковый домен и шаперон.
Было получено изображение с помощью сервиса COGNAT Neighborhood Size 7. Occurrence Threshold 5 (при большем проценте никакого "интересного" окружения COGNAT не находи). Taxonomy - yes (Данный параметр позволяет оценить гены-паралоги).
Что видно из картинки: геномное окружение данного COG кажется одинаковым у двух актинобактерий (NC_009953 Salinispora arenicola, CNS-205NC_013729 Kribbella flavida DSM17836).
Кажется, что у NC_013595 Streptosporangium roseum DSM43021 встречается несколько раз данный COG и во многом вместе со своим "постоянным" окружением, кажется что гены дуплицированны.
Обозначения на картинке:
красный цвет Zn-dependent metalloprotease
фиолетовый Zn-dependent amino- or carboxypeptidase, M28 family
коричневый DNA-binding transcriptional regulator, LysR family(думаю такую находку смело можно относить к случайным: функционально ничего не связано + найдено в 10 находках)
Геномное окружение почти везде вариабельно. Похожее геномное окружение было найдено всего в несколько вышеописанных случаях Кажется что zn зависимые белки могут встречаться консервативно сосем неслучайно. В данном случае, белки объединены функционатьно (отщипление с c конца и металлопептидаза и карбоксипептидаза) и оба зависят от цинка.
1.8e-293 p-val очень маленький что может означать что по сслучайным причинам такая находка бы не нашлась
Организм одного вида из которого находка и из которого мой белок (Bacillus anthracis str. Ames-находка, Bacillus cereus sp. A1 -мой).
Из этого вывод: белок является тем же самым
Uniprot Uniprot:Q81V99
Tаблица1. Термины GO, отнесенные к белку с идентификатором Uniprot Q81V99 ( Q81V99_BACAN)
| Аспект | Идентификатор GO | Название термина | Перевод названия термина | Код типа достоверности |
| biological process | GO:0004222 | proteolysis | протеолиз | ISS |
| molecular function | GO:0004222 | metalloendopeptidase activity | металлоэндопептидазная активность | ISS |
Таблица 2. Описание кодов достоверности, использованных в Таблице 1.
| Код типа достоверности | Расшифровка кода типа достоверности | Объяснение |
| ISS | Inferred from Sequence or structural Similarity | "определяется из последовательности или структурного сходства"- дословно. Данный код присваивается в случае, если последовательность аннотировалась вручную. |
Данный тул (GO) позволяет оценить известные человечеству функции белка. Мы нашли последовательность белка (встроенный в GO BLAST), которая наиболее похожа с нашим белком и при этом об этом схожем белке известно GO. Таким образом, мы нашли, что белок участвует в протеолизе и обладает металлоэндопептиданой активностью. Такие знания о белках лежать с какой-то степенью достоверности. Данные находки в нашем случае (iss) были аннотированы вручную с применением одного или нескольких тулов к последовательности. (То есть, все выводы были сделаны только лишь из последовательности).
E-mail: Задавайте вопросы по электронной почте