РИС1.
РИС2.
РИС3.
РИС4.
На Рис1. Мы видим интересный пример системы водородных связей, которая может удерживать лиганды внутри кармана. Исходя из картинки, видно, что лиганд через 1 водородную связь взаимодействует с молекулой воды, а затем молекула воды может еще образовать одну водородную связь с азотом остатка thr26 .Более подробно на эту связь можно посмотреть на РИС3. На РИС2. можно обратить внимание на то, что молекула лиганда может задерживаться в этом кармане еще тремя взаимодействиями. Кислород при этом имеет две неподеленные пары электронов и может собой ежемоментно занимать только две из этих связей. Но тк мы наблюдаем картину во времени две пары могут быть распределены по трем группам. Угол водородной связи, образованной с серином, не соответствует геометрии водородной связи. Поэтому, вероятно, там взаимодействия нет.(Подробнее можно посмотреть на взаимодействия на РИС4)
При наложении структур - различий глазами почти не видно, однако я взяла интересный случай, где на структуре с лучшим разрешением наблюдалось "раздвоение" остатков
РИС5.2PWA (уровень подрезки 1, carve = 1)
РИС6.5UVL (уровень подрезки 1, carve = 1)
РИС7. 5UVL(уровень подрезки 1, carve = 1.5)
РИС8. 2PWA(уровень подрезки 1, carve = 1.5)
Исходя из этих картинок, можно заметить, что у 2PWA разрешение лучше чем у 5UVL. Электронные облака на РИС5,8 образуют сплошную поверхность, покрывают все выделенные атомы, при этом, такая поверхность в районе самих атомов становится более шарообразной. На РИС5 отчетливо видно, что видимо, этот остаток является подвижным и в части белков ориентирован чуть со сдвигом. (отсюда наверное, и раздвоенность картинки). При этом на РИС6,7 изображен тот же белок но с явно более низким разрешением, сеть не сплошная, границ атомов не видно - образует собой жерлоб, не понятно как по нему можно определить расположение остатков. Догадки подтверждаются из бд: 2PWA - 0.83 A, 5UVL - 2.65 A
РИС9.уровень подрезки 1
РИС10. уровень подрезки 2
РИС11.уровень подрезки 3
РИС12. уровень подрезки 1
РИС13. уровень подрезки 2
РИС14. уровень подрезки 3
РИС9-11. Это приближенный фрагмент молекулы, которая изображена на РИС12-14. (Везде carve = 2). Кажется что сохраняются на высоком уровне подрезки атомы с наибольшим количеством электронов.(оно и ясно, это особенность метода, чем больше атом и чем больше вокруг него электронов-тем заметнее он для x-ray). При этом, еще интуитивно понятно, что наиболее подвижные фрагменты молекулы будут иметь разрешенность хуже всего, потому что кристалл не идеален, там есть какая то вариативность в расположении структур.
РИС15. уровень подрезки 1
РИС16. уровень подрезки 2
РИС17. уровень подрезки 3
Везде buffer = 1. На уровне подрезки 1 - не все атомы покрыты- некоторые кислороды остаются без покрытия, но пи-электронная система лиганда покрыта. При увеличении уровня подрезки покрытие становится меньше и покрывает все меньшее количество атомов. При уровне продрезки 3 покрытие находится только вокруг атома серы что может быть связано с большим размером атома и большим количеством электронов.E-mail: Задавайте вопросы по электронной почте