РИС1. остаток глутамина 226 - имеет в структуре белка наибольший b-фактор (31.552). А.к. имеет длиную боковую цепь + находится на переферии. На данной картинке заметно, что самый большой b - фактор имеют атомы находящиеся на конце остатка. Это кажется закономерным, потому что эти атомы имеют больше тепловую подвижность, чисто из геометрических соображений торсионных углов от закрепленных бэкбон-атомов тут больше - значит и атомы на концах более свободны в движении.
РИС2.Остаок с мин b-фактором это глицин 26 (chain A). Его b-факт = 5.745. Остаток находится в бета-листе, следовательно его атомы жестко закреплены. Е ще плюс условие, что эта аминокислота глицин, у нее просто нет атомов, которые могут совершать движения (остаток слишком мал). На картинке выделено желтым взаимодействие остатка глицина с соседями - эти водородные связи и ужерживают бета-листы.
РИС3.На картинке заметно, что чем дальше центр масс а.к. остатка от центра масс белка - тем больше b-фактор и тем больше разброс значений. Видно также, что на маленьком расстоянии от центра масс(0-10), минимальные значения b-фактора чуть выше, чем на “среднем удалении (10-30 А)”. Возможно, это связано с формой поверхности самрго белка (Рис4). Вблизи центра масс, вероятно, тоже находится поверхность белка - а значит и остатки “торчат” наружу.
РИС4.Поверхность белка 3CZF
РИС5. Общий вид смоделированной функции ЭП. (параметр -g 12,3,1+6,3,2.2+1,3,3.4+6,3,8.4+6,3,9.6+20,3,14.6+6,3,16.1)
Таблица1. Восстановление функции по коэффициентам ряда Фурье.
| Набор гармоник | Разрешение(?) | Полнота данных% | Шум амплитуды (% от величины F) | Шум фазы(% от величины phi) | Качество восстановления+комментарии | Комментарии(номер рисунка) |
| Полный набор гармоник | ||||||
| 0–3 | 10.0 | 100% | 0 | 0 | Среднее восстановление | 6 |
| 0–15 | 2 ? | 100% | 0 | 0 | Среднее восстановление | 7 |
| 0–20 | 1.5 | 100% | 0 | 0 | Среднее | 8 |
| 0-10 | 3.0 | 100 | 10 | 10 | Среднее восстановление | 9 |
| 0-20 | 1.5 | 100 | 10 | 10 | среднее-не видно водорода | 10 |
| 0-25 | 1.2 | 100 | 10 | 10 | среднее восстановление - не видно водорода | 11 |
| 0-30 | 1 | 100 | 10 | 10 | отличное видно даже водороды | 12 |
| Неполный набор гармоник | ||||||
| 20-Mar | 1.5 | 86 | 0 | 0 | среднее атома водорода не видно | 13 |
| 0-20,26-50 | 0.6 | 90 | 0 | 0 | среднее, атома водорода не видно | 14 |
| 0-20,26-80 | 0.375? | 94 | 0 | 0 | среднее, атома водорода не видно | 15 |
| 0-3,8-15, 25 | 1.2 | 50 | 0 | 0 | плохое - даже атомы углерода не разрешимы, хотя “разрешение ” отличное (крайний случай) | 16 |
| 0-9,11-15,17-35, 40-90, 100-300 | 0.1 | 95 | 20 | 20 | хорошее восстановление - но все равно шум слишком высок, некоторые атомы не могут быть отличимы от шума | 17 |
РИС6.
РИС7.
РИС8.
РИС9.
РИС10.
РИС11.
РИС12.
РИС13.
РИС14.
РИС15.
РИС16.
РИС17.
Даже в идеальном случае, абсолютно без шума, водороды можно увидеть в эл-плти только при разрешении в 1 ангстрем и полном наборе гармоник (что в реальном эксперименте не достижимо). Углероды начинают выделяться при разрешении 1.5 ангстрем. При не полном наборе гармоник даже при условии отсутствия шума (что невозможно) и при нереально хорошем разрешении атома водорода все равно не видно. "Предложите правило, как определять разрешение для набора гармоник Фурье, по которым восстанавливается функция": не совсем понятен вопрос, но определяется по расстоянию между пиками на гармонике с максимальным номером среди набора.