Первый семестр

Начало всех начал

Главная

Семестры

Ссылки

О себе

Белок Супероксиддисмутаза (superoxide dismutase) из генома бактерии Thermosynechococcus elongates штамм BP-1

АТФ-синтаза – белок, состоящий из многих субъединиц, главная функция которого состоит в синтезе АТФ – молекул, аккумулирующих энергию. Субъединицы АТФ-синтазы закодированы на прямой цепи, см. рис.4, на котором представлено графическое изображения оперона с несколькими генами, не входящими в него.

Информация о белке супероксиддисмутазе представлена в таблице 1.

Таблица 1. Информация о белке супероксиддисмутазы из организма Thermosynechococcus elongates штамм BP-1 (идентификатор белка в базе данных RefSeq NP_682309.1)

Вид информации

Квалификатор в записи генома

Значение

Локус гена в геноме /locus_tag tll1519
Имя гена /gene sodB
Идентификатор гена в базе Gene /db_xref="GeneID ... 1011132
Начало гена в геноме 1586170
Конец гена в геноме 1586772
На какой цепи кодируется ген Обратная
Длина гена 603
Идентификатор белка в базе данных NCBI Protein /protein_id NP_682309.1
Длина белка (в аминокислотных остатках) 200

Из рисунка 1 следует, что соседние гены c 5'-конца со-направлены с данным. Между со-направленным генами ftrV, tll1518, tsll1516, cofG (идентинтификатор NP_682305.1) расстояние тоже небольшие, поэтому я думаю, что эти пять генов могут быть в одном опероне поскольку они со-направлены.

Рисунок 1. Гены в окрестности гена sodB (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/1077?project_id=57907)

Подробная информация о расположении генов в окрестности гена sodB приведена в таблице 2.

Таблица 2. Информация о генах в окрестности гена sodB.

Ген

Координаты начала

Координаты конца

Расстояние до гена sodB

Направление цепи

tll1518 1584964 1585956 213 обратное
tll1519 1586170 1586772 - обратное
tlr1520 1586928 1588442 155 прямое

Ссылки:

-[1] http://www.ncbi.nlm.nih.gov/