Второй семестр
	Продолжение начала		Главная	Семестры	Ссылки	О себе

В данного практикуме работа будет выполнена на Blast. Это программа помогает выявить гомологи белка и понять насколько гомологичны их последовательности. Для вычесления гомолога, который походи лучше всех, нам даны параметры. Мой белок имее инфикаторв базы данных RefSeq NP_682309.1 Среди эукариот не найдено гомологов, поэтому я смотрела гомологи среди Stigonematales. Всего таких нашлось 6 последовательностью.Я вырбала гомолог с определенными параметрами. См таблица1. Таблица 1. Параметры программы и моего гомолога. Description Название белка гомологичного данном Лучшая находка> superoxide dismutase [Acetobacter sp. CAG:977] Max score Максимальныей вес выравнивания 410 266 Total score Полный вес выравнивания 410 266 Query cover Процент покрытия данной последовательности и гомолога 99% 97% E value Количество ожидаемых случайных находок 1e-143 3e-87 Ident Процент совпадения (идентичности) 100% 65% Accession AC number базы Uniprot для данного белка 1MY6_A WP_022000517.1 Далее я создала карту локального сходства между моим белком и гомологом. Из этого следует, что белки гомологичны. Внизу также представлено выравнивание двух белков Карта локального сходства Выравнивание двух белков Далее нужно было найти белки эукариот, гомологичные данному белку, но их не было. Тогда я взяла белки из среди класс Chroococcales. Всего гомологов было 10. и я составила их выравнивание. См ниже. Всего консервативных позиций 92 из 200(49%), а функционально консерванивных - 14 (7%) Проэкт