Совмещение белковВ данном практикуме мы новую поисковую систему , нужную для поиска и совмещения полипептидных цепей. Далее используя программу Jmol можно посмотреть насколько белки совпадают при наложении. А это используется для анализ различных структур белков, схожих по функциям и происхождения. С помощью этой системы было найдено 352 белка, которые имеют похожую структуру с белком 1YM6. Всего было просмотрено 97790. (стандартные настройки), цепочек было рассмотрено 253612. Для сравнения полипептидных цепей нужно было взять белок, структура которого будут отличаться от структуры белка Fe-superoxide dismutase. Этому требования удовлетворял белок THE CRYSTAL STRUCTURE OF IRON SUPEROXIDE DISMUTASE FROM ALIIVIBRIO SALMONICIDA с параметрами %seq - 55 %, Nalign -191 (86% от числа остатков в структуре 1MY6), RMSD - 1.01, Ng - 3 На рис1. изображен участок совмещения цепей, где зеленым цветом показана цепь А - исходного белка белок, а цепь В - найденого белка с индификатором 2W7W. (именно в этих местах видно совмещение цепей). Также желтым светом те учестки, которые не совпадают.  Рис1. Изображение усчастка совмещения цепей Скрипт, с помощью которго создается изображение. Фаил с исходным PDB- файлом. |