Второй семестр
	Продолжение начала		Главная	Семестры	Ссылки	О себе

Итак, надо было выбрать несколько гомологичных белков для множественноо выравнивания. Далее с помощью программы muscle на сервере kodomo я сделала множественное выравниавние. Для этого я использовала команду: muscle -in seqdump.fasta -out mnvr.fasta см рис1 Далее я сделала выравнивание с помощбю программы mafft на сервере kodomo. Использовалась команда: mafft mnvr.fasta > mnvr.fasta См рис2 Строим парновые выравнивание с помощью самого Jaview (см рис3) или программы muscle(см рис4) Выравнивание, сделанное с помощью Jaview Выравнивание, сделанное с помощью muscle, использовалась такая команда muscle: -profile -in1 mnvr.fasta -in2 mnvr1.fasta -out both.fasta Далее я нашла домены Pfam-семейств встречаются в исходной последовательности. См рис ниже Проект