Второй семестр

Продолжение начала

Главная

Семестры

Ссылки

О себе

B данном праке работа будет сделана с помощью PsiBLAST - Position Specific Interated BLAST. Главная его цель - поиск гомологов, основываясь на профиле, построенном по уже найденным гомологам. Таким образом, он даёт возможность найти далеких гомологов. Это программа может искать в разных базах данных, я выбрала "Non-redndant protein sequences"

член 13с суперсемейства рецепторных факторов некроза опухоли

Я выбрала последовательность белка Q3SXS7. Это белок является рецептором фактора некроза опухоли .

Номер итерацииЧисло находок выше порога (0,005)Идентификатор худшей находки выше порогаE-value этой находки Идентификатор лучшей находки ниже порогаE-value этой находки
1127 XP_005422009.10.003KFQ51838.1 0.006
2165 XP_006522052.10.0051OQE_K 0.007
3269 EMC85596.1 7e-04XP_007910632.10.007
4309 XP_007910632.10.003XP_008303624.10.018
5309 XP_005054102.10.0021OQE_K 0.770

В результате каждой интерация получается два окна: с хорошими последовательностями и с плохими последовательностями. Отражение результатов каждой интерации см в таблице1. После 5 интерации мне не удалось стабилизировать результат. Ниже представлена ссылка на множественное выравнивание.

Проэкт