Второй семестр
	Продолжение начала		Главная	Семестры	Ссылки	О себе

В данном практикуме я буду работать с базой Uniprot. Первым заданием нужно было найти все субъединицы АТФ- синтетазы из первого семестра. Чтобы их найти, я вводила такие запросы. Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) 2,458 Очень много Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) AND name:"ATP syntase" 0 Что-то не так organism:"Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) " AND "ATP synthase" 11 Вот, уже что-то - это окончательный результат Запрос на АТФ- синтетазы другого организма Thermosynechococcus sp. NK55a AND "ATP synthase" 10 АТФ- синтетаза организма Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) Мне удалось найти 11 компанетнов АТФ-синтетазы.9 вошли в разделраздел Uniprot/Swissprot белков, проверенных экспертом, остальные нет. Все 9 белков в одном гене (опероне) с идентификатором RefSeq NP_681225.1. Скриншот запроса смотри ниже. 4 белка - Inferred from homology, 2 - Predicted, 5 - Evidence at protein level Фаста-файл с последовательностями АТФ- синтетаза организма Thermosynechococcus sp. NK55a Нашлось 10 компанентов АТФ- синтетаза организма Thermosynechococcus sp. NK55a. Ни один белок не вошел в раздел Uniprot/Swissprot белков, проверенных экспертом. Все 10 белков в одном гене (опероне). Скриншот запроса смотри ниже. Фаста-файл с последовательностями Для субъединицы АТФ-синтазы я нашла несколько гомологов. Чтобы их найти, я ввела такой запрос: name:"ATP synthase subunit alpha" AND taxonomy:"Chroococcales [1118] atpA". Таким образом я нашла 81 гомолог. Первые 10 см ниже, также фаста-файл с их последовательносями \