|
Описание области контакта c лигандом Fe в структуре белка sodB (идентификатор PDB 1YM6) В данном практикуме мы будем расссматривать какие лиганды есть в присутствуют в белке. Лиганд – атом, ион или молекула, связанные с неким центром белка. В белке sodB есть один лиганд - ион Fe. В этом случае железо является кофактором. На рисунке1 изображен лиганд в структуре белка.
В координационную сферу железа входит 4 аминокислотных остатка: 3 гистидина (His27, His79, His165), аспарагинова кислота (Asp 161) и вода. Интересно заметить, что лиганд связывается не только с A-спиралями, но и бета тяжи тоже. На рисунке 1 показана область контакта лиганда с белком. На рисунке 2 показаны длины связей между лигандом и остальными молекулами.Ссылка на скрипт
|
