Второй семестр
	Продолжение начала		Главная	Семестры	Ссылки	О себе

Праное выравнивание В данном практикуме мы познакомились с новыми программами Needle и Water и тд. В первом задании из множественного выравнивания(рис.1) мы строим парное выравнивание мы строим парное выравнивние. Для этого удалим из множественного выравнивания все остальные последовательности, кроме последних двух, и все пустые колонки. Проект1. Рис1. Исходное множественное выравнивание. В следующем задании мы ознакомимся с программами Needle и Water соответственно. Needle строит глобальные выравнивания двух последовательностей . Использовать её нужно через сервер Кодомо и PuTTy. В качестве входных данных она треует две последовательности в fasta формате двух белков соответственно. На выходе, если запустить Needle без параметров, получаем файла формата .needle, содержащий глобальное выравнивание, а перед ним аннотацию. Чтобы получить файл выравнивания, имеющий структуру файла формата .fasta, необходимо указать в качестве опции запуска -aformat3 fasta. Следующая необходимая программа - Water. Она строит локальные выравнивания Работа с ней полностью аналогична работе с Needle. В качестве исходных файлов были использованы следующие файлы: первый и второй. Таким образом для получения выравниваний были использованы следующие команды: needle -aformat3 fasta;water -aformat3 fasta;+ параметры: Gap opening penalty: 10.0 Gap elongation penalty: 0.5 Проект2. Рис 1. Парное выравнивание с помошью Needle Рис 2. Парное выравнивание с помощью Water В следующем задании я выравнила две последовательности белков -1) белка пирофосфогидролазы из генома бактерии Bdellovibrio bacteriovorus штамм HD100 и белок супероксиддисмутазы из организма Thermosynechococcus elongates штамм BP-1. Я опять воспользовалась программами Needle и Water. Результат:Проект3. Рис3. Выравнивание с помощью Needle. Name SeqLen AlignLen Gaps GapLen Gaps % Ident Ident % Similar Similar % needle 1IXX_A_1-129 129 150 6 21 14 129 86 0 0 2ZIB_A_1-133 133 160 7 27 16,875 73 45,625 16 10 water 1IXX_A_1-129 126 146 5 20 13,7 126 86,3 0 0 2ZIB_A_1-133 119 146 7 27 18,5 61 41,8 15 10,3 Выравнивание негомологичных белков, needle 3LEZ 260 380 31 120 31,6 260 68,4 0 0 ATPA2 519 557 15 38 6,8 387 69,5 50 8,98 Выравнивание негомологичных белков, water 3LEZ 257 414 36 157 37,9 257 62,1 0 0 ATPA2 393 414 10 21 5,1 246 59,4 61 14,7 Дальше было предложено совместить два выравнивания. Я взяла исходное выравнивание и выравнивание, полученное с помощью "needle". Результат показан на рисунке 5. Как видно из этого рисунка, основной участок различия находится с 77 по 93 позицию. А по обе стороны от этого учасктка различия находятся гомологичные блоки. Проект3. Рис4. Сравнивание выравниваний С помощью программы "sup_cheak" можно проверить то, как выравнивания совпадают с совмещением структуры белков. Таким образом можно получить либо совпадение выравнивания и совмещения структуры, либо расхождения в них. Для исходного выравнивания было найдено 8 ошибок первого рода и 22 ошибки второго рода. Для выравнивания, полученного с помощью программы needle - 38 ошибок первого рода и 4 ошибки второго. Проект4. Рис5. Выравнивание