|
Мотив - консервативный участок последовательностей. Два типа мотивов: мотив, свидетельствующий о гомологии последовательностей; мотив, свидетельствующий об общности функции или структуры белков. Мотив можно закодировать паттерном, то есть схемой, по которой могут быть найдены идентичный или похожий мотивы в других последовательностях. Сильный паттерн определен довольно точно, задает жесткие рамки для находок. Соответственно, их может быть меньше, но достоверность гомологии в таком случае значительней. Напротив, в слабом паттерне аминокислотные остатки указаны не так определенно, такие паттерны дают больше степеней свободы для остатков. Следовательно, предполагаемых гомологов будет найдено больше, но и достоверность общего происхождения таких находок не так высока. В данном практикуме мы используем сервер ProSite. Он может находить мотивы, а может выдавать последовательность по данному паттерну. В качестве исходнных данных мы вводим fasta-файл с последовательностью. Ао всех последовательность найден мотив C_TYPE_LECT. На рис1. изображен этот мотив в множественном выравнивании. 
Рис1.Изображенеи множественного выравнивания(из выделеного участка мы строим паттерн) Так как мотив слишком длинный(с 11 по 130 позицию),возьмем маленькую часть мотива (23 позиций), чтобы показать как строиться сильные и слабые паттерны. Сильный паттерн: Y-[DE]-[RGQ]-[YH]-[C]-[Y]-x-[AP]-[F]-x-[KQE]-[P]-[K]-[N]-[W]-[AYE]-[D]-[A]-[E]-[SRN]-[F]-[C]-[ETK] Слабый патерн [Y]-x(3)-[C]-[Y]-x(2)-[F]-x(2)-[P]-[K]-[N]-[W]-x-[D]-[A]-[E]-x-[F]-[C]-x
Проект с выравниванием |