|
Jalview - это программа, позволяющая строить выравнивания последовательностей гомологичных белков. Полное выравнивание Рассмотрим два участка, на которых для каждой колонки можно ожидать гомологию между остатками из всех последовательностей (см рис1 и рис2). Для раскрасок был выставлен порог идентичности 70%. Один цвет - одна функциональная группа.
Рассмотрим 1 блок. ПОсчитаем параметры, оценивающие гомологичность последовательностей. Результаты представлены в таблице 1. Таблица1 показаны все соотношения позиций в блок1.
 Проэкт Здесь всего 68 позиций позиций с гепами 10 процент 15.23% Ниже участок, на котором остатки двух или более последовательностей, предположительно, гомологичны, а остатки остальных - скорее не гомологичны им(см рис3).На участве с 70-85 последовательности Dappu/1-477 Bommo/1-508 почти идентичны см рис 4, но при этом на рис3 выбранный участок, рассматриваемый для всех последовательностей, где снижается консервативность позиций.  Проэкт На рис3. изображен участок со всеми последовательностями. Мы добавляем последовательность к нашему выравниванию. На рис5. изображен участок выравнивания, он скорее всего гомолог остальных последовательностей.  Проэкт На рис5. изображено выравнивание с дополнительной последовательностью. Пользуясь программой cons на сервере http://emboss.bioinformatics.nl/ или пользуясь сервисом http://weblogo.berkeley.edu/logo.cgi консенсусная последовательность. Последовательность данного множественного выравнивания изображена на рис6.
На рис.6 изображена консенсенсусная последовательность = LesNPiLEAFGNAKTvRNDNSSRFGK Я выбрала несколько белков из тех, с которыми работают мои одногруппники, для составления выравнивания. Я попыталася найти более-менее сходные участки, они приведены на рис7.  На рис.7 изображено множественное выравнивание последовательности с белками других ребят Проэкт |
