Третий семестр
	Интересно и полезно		Главная	Семестры	Ссылки	О себе

Практикум№1(2 блок) Предсказание вторичной структуры тРНК путем поиска инвертированных повторов С помощью программы einverted из пакета EMBOSS были найдены найти возможные комплементарные участки в последовательности исследуемой тРНК. SEQUENCE: Score 15: 5/5 (100%) matches, 0 gaps 48 cgggg 52 ||||| 64 gcccc 60 Данный результат является точным, но не дает никаких представлений о структуре РНК. При этом были изменены параметры "minimum score threshold" - 12; "gap" - 15 Предсказание вторичной структуры тРНК по алгоритму Зукера. Предсказания осуществлялись алгоритмом Зукера. Используя on-line сервис The Mfold Web Server, мы изменим "percent suboptimality" на 10, и получаем структуру, которая имеет четыре стебля, она более остальных напоминает реальную тРНК.(Рисунок1) Рис1.Предсказаная форма тРНК Далее сравнили 3 полученных результата - с их описанием, полученным ранее с помощью find_pair; результаты с помощью программы einverted из пакета EMBOSS; и результаты программы mfold из пакета EMBOSS. Результаты сравнения занесли в таблицу, приведенную ниже. Таблица1. Таблица сравнения реальной структуры тРНК и предсказанной. Участок структуры Позиции в структуре (find_pair) Результаты предсказания einverted Результаты по алгоритму Зукера Акцепторный стебель 5'- 901-907 -3'; 3'- 972-966 -5'; 8 пар найдено 6 пар из 8 найдено 8 пар из 8 D-стебель 5'- 910-913 -3'; 3'- 922-925 -5'; 4 пары условия не были найдены 4 пары из 4 T-стебель 5'- 949-953 -3'; 3'- 965-961 -5';5 пар найдено 4 пары из 5 предсказано со сдвигом Антикодоновый стебель 5'- 938-944 -3'; 3'- 932-926 -5';6 пар не нашлись условия предсказаниия предсказано со сдвигом ДНК-белковые контакты в заданной структуре. Будем считать полярными атомы кислорода и азота, а неполярными - атомы углерода, фосфора и серы. Назовем полярным контактом ситуацию, в которой расстояние между полярным атомом белка и полярным атомом ДНК меньше 3.5A. Аналогично, неполярным контактом будем считать пару неполярных атомов на расстоянии меньше 4.5A. Далее составим таблицу2 Таблица2. Контакты разного типа в комплексе 1ODH.pdb Контакты атомов белка с.. Полярные Неполярные Всего остатками 2'-дезоксирибозы 2 8 10 остатками фосфорной кислоты 12 8 20 остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки 4 0 4 остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки 0 0 0 Из наших результатов моно сделать вывод, что это, в целом, не очень типично, что полярных и неполярных атомов примерно одиноково. Атомы малой бороздки вообще не участвуют во взаимодействии с белком. Больше всего контактов образуют атомы остатков фосфорной кислоты. Далее надо получить популярную схему ДНК-белковых контактов с помощью программы nucplot. Изобраза)\(ение мо)\(но увидеть ни)\(е. Рис2. Cхемa ДНК-белковых контактов часть1. Рис3. Cхемa ДНК-белковых контактов часть2. После этого мы получили в Jmol картинки с аминокислотный остаток с наибольшим числом указанных на схеме контактов с ДНК; аминокислотный остаток, который является наиболее важным для распознавания последовательности ДНК. Из ранее полученных результатов мо)\(но сделать вывод, что His65 и Lis74 имеют самое большое кол-во контактов, а именно по 2 контакта. На рисунке изобраен 1 из контактов с фосфатной группой. Аминокислотный остаток, который является наиболее важным для распознавания последовательности ДНК - Asn65, так как взаимодействеет с цитозином. Рис5. Аминокислотный остаток Ans65, который является наиболее важным для распознавания последовательности ДНК(с гуанином). Рис4. Аминокислотные остатоки His65 и Lis74 с наибольшим числом указанных на схеме контактов с ДНК(изобрае)\(но 1 взаимодействие)