Третий семестр

Интересно и полезно

Главная

Семестры

Ссылки

О себе

Практикум№1(2 блок)

Знакомство со структурой банка RefSeq посредством поисковой системы SRSБ

\

В Данном практикуме мы работаем с системой SRS. ///

С помощью банка SRS выведем список хромосом дрожжей Saccharomyces cerevisiae.

        REFSEQ_DNA_A	LL:NC_001133	NC_001133	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome I, complete sequence. 	230218	
	REFSEQ_DNA_ALL:NC_001134	NC_001134	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome II, complete sequence. 	813184	
	REFSEQ_DNA_ALL:NC_001135	NC_001135	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome III, complete sequence. 	316620	
	REFSEQ_DNA_ALL:NC_001136	NC_001136	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IV, complete sequence. 	1531933	
	REFSEQ_DNA_ALL:NC_001137	NC_001137	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome V, complete sequence. 	576874	
	REFSEQ_DNA_ALL:NC_001138	NC_001138	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VI, complete sequence. 	270161	
	REFSEQ_DNA_ALL:NC_001139	NC_001139	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VII, complete sequence. 	1090940	
	REFSEQ_DNA_ALL:NC_001140	NC_001140	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VIII, complete sequence. 	562643	
	REFSEQ_DNA_ALL:NC_001141	NC_001141	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IX, complete sequence. 	439888	
	REFSEQ_DNA_ALL:NC_001142	NC_001142	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome X, complete sequence. 	745751	
	REFSEQ_DNA_ALL:NC_001143	NC_001143	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XI, complete sequence. 	666816	
	REFSEQ_DNA_ALL:NC_001144	NC_001144	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XII, complete sequence. 	1078177	
	REFSEQ_DNA_ALL:NC_001145	NC_001145	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIII, complete sequence. 	924431	
	REFSEQ_DNA_ALL:NC_001146	NC_001146	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIV, complete sequence. 	784333	
	REFSEQ_DNA_ALL:NC_001147	NC_001147	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XV, complete sequence. 	1091291	
	REFSEQ_DNA_ALL:NC_001148	NC_001148	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XVI, complete sequence. 	948066

Рассмотрим 3 хромосому - ее длина - 316620 нуклеотид, генов белков -177 и тРНК - 10.

Далее нужно привести 4 примера разных генов 

– гена, который находится на прямой цепи и не имеет интронов;
        gene - 200442..200969
               gene="MATALPHA1"
               locus_tag="YCR040W"
               gene_synonym="ALPHA1"
               db_xref="GeneID:850407"
          CDS 200442..200969  
– гена, который находится на обратной цепи и не имеет интронов;
         gene - 248975..249202
                  /locus_tag="YCR075W-A"
                  /db_xref="GeneID:1466399"    
           CDS 248975..249202 
– гена, который находится на прямой цепи и имеет хотя бы один интрон;
               gene - 107023..107417
              gene="VMA9"
              locus_tag="YCL005W-A"
              gene_synonym="CWH36; LDB10"
              db_xref="GeneID:2732686"   
          CDS join(107023..107033,107111..107191,107288..107417) 
– гена, который находится на обратной цепи и имеет хотя бы один интрон. 
       gene - complement(101317..101788)                       
              locus_tag="YCL012C"                              
              gene_synonym="YCL011C-A"                         
              db_xref="GeneID:2746859"                         
          CDS complement(join(101317..101633,101701..101788))      

 Во втoром задание нужно было найти информацию о белке superoxide dismutase [Thermosynechococcus elongatus BP-1]. 

Идентификатор в банке  Uniprot ID - Q8DIR2
                       Uniprot AC - 
		       EMBL AC - BA000039; AP005369-AP005377;
Ген, кторый годирует белок superoxide dismutase, называется sodB. CDS моего белка - complement(1586170..1586772) 
Последовательность: файл