|
Практикум№2(2 блок) Emboss Первым делом я нашла запись D89965 банка EMBL. Для этого я ввела запрос - entret embl:d89965 Далее помощью запроса:getorf embl:d89965 -find 1 -minsize 90 - я получила набор трансляций всех открытых рамок данной последовательности, которые одновременно:определены при использовании стандартного генетического кода,имеют длину не менее 30 аминокислотных остатков,начинаются со старт-кодона и заканчиваются стоп-кодоном. После я определила рамоку, границы которой 163..432, именно она соответствует приведённой в поле FT кодирующей последовательности (CDS) Потом надо было создать файл последовательностью записи Swiss-Prot, на которую ссылается данная запись EMBL, вольспользовавшись запросом: entret sw:p0a7b8
В следующем задание ну)\(но было скачать в файл со всеми доступными в Swiss-Prot последовательностями алкогольдегидрогеназ. Это мо)\(но сделать с помощью команды: seqret sw:adh*_* adh.fasta. Далее выполняя запрос: infoseq sw:adh*_* -only -usa > sw-usa, мы получили файл, который содержит только список универсальных адресов USA в Swiss-Prot. Используя программу grep -E 'DROME|MAIZE|PELPE|DROPS|HALSA|DROFL|GADMC' 'sw-usa' > list - мы создали список, только из тех кодов, которые соответствуют выданным нам организмов. Возьмем алкогольдегидрогеназы из двух разных организмов: pис посевной(Oryza sativa) и комар обыкновенный(Culex quinquefasciatus). Далее сделаем 100 случайных перемешиваний первой аминокислотной последовательности ( файл ). (это было сделано с помощью команды) shuffleseq -shuffle 100 DROME adh_drome.fasta С помощью программы 'water' пакета EMBOSS создадим файлы( 1, 2) с парными локальными выравниваниями второй последовательности с исходной (неперемешанной) первой и с каждой из 100 перемешанных последовательностей. Получится 101 парное выравнивание, используя запросы water DROFL adh1_zealu.fasta control, water DROFL ZEALU controll Далее мы получили список весов этих выравниваний. Для наглядности результаты представлены на рис. 1. По оси Y счета выравниваний. НЕсмотря на то, что "настоящее" выравнивание имеет счет(60.0) меньше некоторых других значений, гомология все же присутствует.
|
