Третий семестр

Интересно и полезно

Главная

Семестры

Ссылки

О себе

Практикум№3(2 блок)

Онлайн BLAST

С помощью программы megablast, выбрав нуклеотидный blast (blastn) и указав алгоритм "megablast", я определила организм по 300-нуклеотидному фрагменту. В качестве банка выбирали "refseq_genomic". Ограничили поиск бактериями и археями. В разделе Filters and Masking уберали галочку с параметра Low complexity regions. Программа выдала результат - Acetobacter pasteurianus.Эта азотфиксирующая бактерия была выделены из растений кофе или сахарного тростника.

Далее ну)\(но было выбрать белок человека(из найденных), для которого идентификатор в Swiss-Prot и ваша фамилия начинаются с максимального количества одинаковых букв. Это мы исполнили с помощью команды infoseq sw:BE_human -only -name -desc -out file_name.txt. (Один из параметоров был BE, так как на BEZ поиск ничего не выдал). Я выбрала белок BEGIN_HUMAN( Brain-enriched guanylate kinase-associated protein ) - Далее была получена поседовательность данного белка.

Следующим заданием нуно было найти гомолог этого белка в геноме африканского слона. Для этого с помощью команды entret sw:begin_human -auto я получила нуклеотидную последовательность моего белка, и с помошью банка данных ENA я нашла 1 гомолог: e-value находки - 5E-277, длину 7307 и identity 80%, координаты гена [76024320-76031626], количество интронов 1.

Следующим заданием ну)\(но было найти последовательность тРНК из генома бактерии Acetobacter pasteurianus. Далее проводился поиск гомологов последовательности тРНК по всем бактериям, относящимся к тому же порядку Rhodospirillales. 

Сначало мы сделали это с помощью алгоритма megablast,
результат - оригинальная последовательность (e-value < 5e-32) и не только оригинальная, что говорит есть близкие гомологи у этой тРНК.
Далее мы искали гомологи с помощью алгоритма blastn.
Обнару)\(илось 69 последовательнстей, у которых  e-value < 0.001. Данный поиск является более эффективным для находения гомологов.
После используя алгоритм blastn с длиной слова = 7, match/mismatch = 1/-1. 
У меня получился странный результат - 100 поледовательностей, хотя мне думаю, что от второго способа - результат не дол)\(ен сильно отличаться.