|
Третий семестр |
|||||||
Интересно и полезно |
Главная |
Семестры |
Ссылки |
О себе |
|||
|
Практикум№1(2 блок) Standalone BLAST Нашим заданием было - скачать файл со всеми аннотированными РНК штамма Bacillus_subtilis_168_uid57675 с помощью FTP-сервера NCBI. и оставить в нем только записи всех misc_RNA(иРНК).Результаты см в общем файле(он находится в конце страницы) Это было достигнуто с помощью программ infoseq RNA -only -usa -description | grep 'misc_RNA' >misc seqret @misc misc_rna Далее я сказала геном штамма Bacillus cereus и искала гомологов misc_RNA из первого задания в полученном геноме Bacillus cereus с помощью трех разных программ. Результаы см. в общем файле(он находится в конце страницы) blastn -task megablast -query misc_rna -db kl.fna -outfmt 7 -evalue 0.001 -out mega blastn -task blastn -query misc_rna -db kl.fna -outfmt 7 -evalue 0.001 -out bl1 blastn -task blastn -query misc_rna -db kl.fna -outfmt 7 -evalue 0.001 -reward 1 -penalty -1 -word_size 4 -out bl2 Результат сравнения в таблице Далее ну)\(но было скачать последовательности предсказанных белков штамма Bacillus_subtilis_spizizenii_TU_B_10_uid73967. (makeblastdb -in NC_016047.faa -dbtype prot.) Далее надо было подобрать значение порога e-value. (blastx -query misc_rna -db NC_016047.faa -evalue 0.001 -outfmt 7 -out blastx1) выходного файла мо)\(но сделать вывод, что гомологов немного - 9 |