|
Третий семестр |
|||||||
Интересно и полезно |
Главная |
Семестры |
Ссылки |
О себе |
|||
|
Практикум№1(3 блок) Предсказание генов у прокариот В первом задание данного практикума надо было определить границы белок-кодирующих генов. Для этого нам был выдан контиг микробиома кардиального отдела желудка валлаби.
Чтобы определитеь границы генов мы использовли программу ORF Finder. Для этого мы ввели последовательность нашего контиг и выбран бактериальный геном. Как результат, программа обнару)\(ила 8 предполо)\(ительных генов. Далее с помощью программы BLASTTP мы отценили постоверность нашего преполо)/(ения, И получилось, что только 3 гена, кодируют белки. Информация О них будет приведена в таблице1. Таблица1. Определение белок-кодирующих генов с помощью ORF Finder
В следующем задание ну)/(но было проделать то)/(е самое, только теперь мы использовали программу GeneMark. Входнными данными являлась последовательность нашего континга, а на выходе программа вывела PDF-файл, с помощью которого была составленна таблица2. Таблица2. Определение белок-кодирующих генов с помощью GeneMark.
В PDF-файл находится график, по вертикали которого находится кодирующий потенциал, по горизонтали - номера нуклеотидов. )/(ирной черной полосой отмечен предсказанный белок-кодирующий ген. Если сравнивать два предсказания, то они почти одинаковы, что говорит о правильности определения начала и конца генов. |