|
Практикум№1(3 блок) Предсказание генов у эукариот В этом задании мы работаем с программой GENSCAN, на входе требуется последовательность на вход. GENSCAN представляет результаты в виде таблицы экзонов. См таблицу Таблица1. Таблица экзонов
В следующим задании мы пользовались базой Genome Browser, которая содержит гены, белки, мРНК и другие объекты, картированные на различные аннотированные геномы. Браузер позволяет просмотреть разнообразную информацию, относящуюся к заданному фрагменту ДНК. Я нашла фрагмент генома человека по выданной мне последовательности. Я изменила некотрые пораметры (переключатель Blat Sequence в группе Mapping and Sequencing Tracks, а также переключатели Human mRNAs и Spliced ESTs в группе mRNA and EST Tracks на pack, остально на hide) и получила рисунок1(полная катинка). 
Рис1. Красной рамкой выделен пример кассетного экзона Из рисунка видно, что наша последовательность имеет ровно 6 экзонов, как и предсказанно. Далее был дан фрагмент ДНК из генома киви Actinidia chinensis. При помощи программы blastх мы проаннотировали этот фрагмент – разметить экзон-интронную структуру генов и предсказать их функцию. Для этого при поиске мы изменили некоторые парамеры: исключите (Exclude) поиск по моделям и пробам среды (поставили галочки возле Models (XM/XP) и Uncultured/environmental sample sequences). Поиск происходил по базе RefSeq. Так)\(е был ограничен поиск только белками растений (Viridiplantae) и исключить из поиска геном винограда Vitis vinifera . По результатом нашего поиска были сделаны следующие выводы. Каждая группа соответствует одному гену, то есть предсказано, что фрагмент содержит 3 гена. Для первого гена:
Для второго гена:
Для третьего гена:
|
