Третий семестр

Интересно и полезно

Главная

Семестры

Ссылки

О себе

Практикум№1(3 блок)

Картирование на референсный геном

Для начала ну)\(но было скачать геномы хлоропласта и митохондрии резуховидки. Далее откартируем на эти геномы очищенные чтения из предыдущего задания программой BWA. В данном случае мы использовали команды:

 bwa index *.fasta, bwa mem *.fasta out.fastq > *-mem.sam

Далее с помощью программы samtools выяснили, сколько чтений откартировалось на каждую органеллу: на хлоропласт - 1673, на митохондрию - 246. При этом мы использовали следующие команды: 

samtools view -bS *mem.sam > *mem.bam (Преобразование формата .sam в формат .bam)
samtools sort *mem.bam *.sorted (Сортировка полученного .bam-файла)
samtools index *.bam (Индексация отсортированного .bam)
samtools idxstats *.bam > *-mem.stats (Сбор статистики)
samtools depth *.bam > *.txt (Получение информации по покрытию)
После чего мы выяснили среднее покрытие для каждой из органелл, с помощью команды depth и программы Excel: для хлоропласта - 426,5, для митохондрии - 19,23.