Реконструкция филогении по нуклеотидным последовательностям. Паралоги.Построение дерева по нуклеотидным последовательностямВ данном задании нужно было построить филогенетическое дерево тех же бактерий, что в предыдущих заданиях, используя последовательности РНК малой субъединицы рибосомы (16S rRNA). Для этого был создан файл, куда записывали последовательности 16S rRNA для каждой бактерии из прошлого задания. Данные последовательности были скачены из БД NCBI. После выравнивания методом MUSCLE мы реконструировали дерево с помощью метода Analyze в программе MEGA.(Рис.1)  Рис.1. Дерево, построенное на основе выравнивания нуклеотидных последовательностей РНК малой субъединицы рибосомы (16S rRNA) Как можно заметить, дерево совпадает с правильным деревом из первого практикума. Хотя деревья, полученные на основе выравнивания нуклеотидных последовательностей, сами по себе менее достоверны, чем соответствующих деревья на основе выравниваний белков. Построение и анализ дерева, содержащего паралогиБыли найдите достоверные гомологи белка CLPX_BACSU в выбранных бактериях.Файл с последовательностью белка CLPX_BACSU. Гомологи данных организмов были отобранны с помощью программы blastp, сами последовательности были взяты с сервера KODOMO (P:\y13\term4\Proteomes). После выравнивания методом MUSCLE мы реконструировали дерево с помощью метода Analyze в программе MEGA.(Рис.2)  Рис.2. Дерево гомологов белка CLPX_BACSU среди белков семи бактерий. Гомологичные последовательности называют ортологичными, если к их разделению привел акт видообразования. Паралогичными называют гомологичные белки из одного организма. На рисунке в крассных квадратах выделены ортологи, в зеленых квадратах паралоги. |