Цель задания: Описать информацию, которую БД STRING может дать относительно белка 1MY6.В данном практикуме я работала с белком Супероксидисмутаза (superoxide dismutase) из организма Thermosynechococcus elongatus. Этот белок уничтожает радикалы, которые, как правило, производятся в клетках и которые являются токсичными для биологических систем.  Рис1."Граф взаимодействия" белка 1MY6 и других белков Данные белки не входят в один белковый комплекс и не катализируют последовательные реакции одного метаболического пути. Но groS, htpG, groL2 катализируют одну реакцию. На рисунке 1 показано в узлах графа белки, связанные с выданным белком, на первом уровне близости. На рисунке 2 и таблице 1 содержится информации о типах взаимодействия (цвета ребер) и белках соответственно.
 Рис2.Разные типы взаимодействия обозначены разными цвета ребер. Легенда к рис1.
Далее рассмотрим "геномное окружение" (genome neighborhood) для белка 1MY6. Вставляю ссылку, где показано полностью раскрытое дерево.
У бактерий и у архей встречаются найденные белки рядом. Но для эукариот такого не выявлено. На данном дереве можно рассмотреть, что у Proteobacteria (Протеобактерий ) встречаются рядом 3 белка tll1519, groS, groL2. У BacteroidetesChlorobi group (грамотрицательных)- 2 белка - tll1519, tpx. У Cyanobacteria (цианобактерий), Chloroflexi (зеленые) - 2 белка - tll1519, htpG. Из этих данных можно сделать выводы, что данные белки могут входит в один оперон, и они выполняют общую и сходную функцию в организмах одного таксона.  Рис3. Дерево организмов с точностью до филума, ссылка на полностью раскрытое дерево. График "совместной встречаемости" (co-occurrence) для белка 1MY6. Ссылка на полное дерево.  Рис4. График "совместной встречаемости" (co-occurrence) для белка.  Рис5. Легенда к рис4. Темнота квадратика отражает на графике совместную встречаемость насколько гомологичен белок, нашему белка. Чем полнее квадратик, тем чаще встречается соответствующий белок в таксоне. Из рис3. можно заметить, что в некоторых группах, встречаются гомологи всех шести белков. Но нет совместной встречаемости ни с одинм белком для tll1519. | ||||||||||||||||||||||||