Четвертый семестр

Интересно и полезно

Главная

Семестры

Ссылки

О себе

Мембранные белки

База данных OPM

Был найден в БД OPM белок Калиевого канала подсмемейства (идентификатор 4rue). Толщина гидрофобной части мембраны - 33.6 A. Существует две трансмембранные субъединицы. Среднее количество остатков в трансмембранной части белка - 97. В субъединице А сегменты 1 (30-51), 2 (141-172), 3 (195-218), 4 (257-279) погружены в мембрану. В субъединице B сегменты 1 (30-50), 2 (141-180), 3 (195-218), 4 (257-279) погружены в мембрану. Данный белок находится в мембране Эукариот.

Рис1. Изображение белка(4RUE).(взято из базы данных OPM)

Был найден в БД OPM белок Нуклеозидно-специфичный канало-формирмирующий мембранный порин (идентификатор 1tly). В трансмембранной части этого белка находятся не бетта-листы. Толщина гидрофобной части мембраны - 23.4 A. Существует две трансмембранные субъединицы. Среднее количество остатков в трансмембранной части белка - 108. В данной субъединице сегменты 1(13-22), 2(34-44), 3(48-57), 4(77-85), 5(101-110), 6(122-132), 7(137-146), 8(163-173), 9(181-189), 10(215-224), 11(227-235), 12(262-272) погружены в мембрану. Данный белок находится в мембране Бактерии.

База данных TCBD

Был найден только один из представленных выше белков - порин (идентификатор 1tly). Его TC-кода - 1.B.10.1.1.

Aнализ множественного выравнивания

Цели задания: проверить корректность предсказания сервиса TMHMM и проверить консервативность различных частей трансмембранных белков.

Была составлена репрезентативная выборка гомологов белка 4rue, состоящую из белков. Последовательности были получены с помощью программы BLAST по отдельным доменам (Bacteria, Archaea, Eukaryotes). При поиске по бактериям были исключины самые крупные бактериальные филумы (Proteobacteria, Firmicutes, Actinobacteria).

После мы построили множественное выравнивание отобранных гомологов с помощью Muscle.Файл с выравниванием В программе JalView мы прикрепите к последовательности белка 4REU его структуру Используя появившуюся связь между последовательностью и структурой, мы пометили участки выравнивания, отвечающие трансмембранным спиралям в белке со структурой в строке-аннотации "TM_REAL" буквой "М".

Далее для гомолога мы получили результат предсказания TMHMM(Prediction of transmembrane helices in proteins). И в стороке-аннотации "TM_PREDICTED" мы также пометили участки выравнивания, которые отвечающие трансмембранным спиралям. Проект Предсказания сервиса TMHMM

Покрасим выравнивание цветовой схемой "Hydrophobicity" и установим порог "By Conservation" 12% . Из таких данных можно сделать вывод, что участки, относящиеся к трансмембранным спиралям консервативны. Можно также заметить, что есть нетрансмембранный участок выравнивания, который тоже является консервативным. Тоже самое подтверждает Рис2.(Изображение трансмембранной структуры).

Трансмембранные спирали состоят в основном из гидрофобных остатков, но также встречаются полярные и заряженные остатки. Такие остатки формируют водородные связи между собой, образуя гидрофильное ядро, сверху от которого находятся гидрофобные аминокуслоты. Такие структуры консервативны, так как энергитически они более выгдня, чем другие конфигурации.

Программа TMHMM довольно достоверно предсказала все шесть трансмембранных спиралей белка. (Есть сильные различия в границах межмембранных спиралях, но, по моему мнению, они не существены)

Рис2. Изображение трёхмерной структуры белка(поркашено раскраской Hydrophobicity, by Conservation 12%). В выравнивание содержится последовательности трех таксонов.