Четвертый семестр

Интересно и полезно

Главная

Семестры

Ссылки

О себе

Поиск сигналов. Теория

Поиск регуляторных мотивов транскрипции в бактериальных последовательностях

В данном задании мы ищем сайты связывания транскрипционных факторов у прокариот, используя метод сравнительной геномики (программу MEME).

Был выдан набор промоторных областей генов E.coli (файл) и список экспериментально установленных сайтов связывания белка PurR. C помощью программы MEME были получены следующие результаты.

Описание базы данных Transfac

Transfac - база данных транскрипционных факторов.

Транскрипционные факторы или факторы транскрипции - это специальные белки, контролирующие процесс синтеза мРНК на матрице ДНК. Во время транскрипции, а именно инициации, транскрипционные факторы помогают полимеразе распознавать промойтер и сесть на него. Также они участвуют в элонгации, могут влиять на скорость прочтения.

Базы данных основывается на взаимодействии транскрипционных факторов с их ДНК-связывающих сайтов. Более подробная информация можно найти в данной статье

Для того, чтобы начать поиск по данной базе данных, сначала надо зарегистрироваться.

Далее по данной ссылке можно начать поиск. Для этого нужно выбрать по какой таблице искать( Cell, Class, Factor, Gene, Matrix, Site), далее выбираем поле для поиска (Table field to search in), затем вводим данные в поле "Search term" и запускаем. Более подробно о правилах запроса можно прочитать здесь.

Для примера выберем

  • Select other TRANSFAC table: Factor
  • Search term: Mus musculus
  • Table field to search in: Organism Species(OS)
  • Далее кнопка Submit

    • Были получены все записи о факторов организма Mus musculus(765 записей). Далее можно было выбрать любой фактор, например alphaA-CRYBP1 Таким образом, была получена вся информация об этом факторе. Справа справа есть краткие обозначения, их расшифровка можно найти по данной ссылке.