Поиск сигналовЦель задания: составьте профиль (PWM) для последовательности Шайн-Дальгарно в геноме бактерии Thermosynechococcus elongatus BP-1 и составьте список всех кодирующих последовательностей, перед которыми есть Шайн-Дальгарно. Последовательность Шайна — Дальгарно — сайт связывания рибосом на молекуле мРНК прокариот, обычно на расстоянии около 10 нуклеотидов до стартового кодона AUG. C FTP-сервера NCBI был скачан файл с геномом этой бактерии и хромосомная таблица, содержащая координаты различных кодирующих участков генома. По этой таблице были определены координаты участков, которые могут содержать последовательности Шайна-Дальгарно. Участки, которые могут содержать последовательности Шайна-Дальгарно, находятся в следующем интервале [-35;0], который располагается перед началом каждого гена. Было найдено, что в геноме данной бактерии содержится 1025 подобных учатков. Далее были получены координаты данных последовательностей. После с помощью программы seqret был получен файл, содержащий нужные последовательности. В следующем шаге мы воспользовалисьи программой MEME и MAST. Для создания PWM первые 500 поледовательностей (из 1025 полученных) были поданы на вход программе MEME. В результате был найден мотив длиной 20 нуклеотидов и E-value 2.9e-008. (который, вероятно, и является последовательностью Шайна-Дальгарно). Лого мотива можно увидеть на рис. 1.
 Рис.1 Лого мотива, найденного программой MEME. Вывод в формате .html можно посмотреть здесь для meme и здесь - для mast. По результатам поиска видно, что Logo данного мотива не очень хорошее. Тем не менее, первая часть мотива(1-6н) позволяет предположить, что канонический мотив AGGAGG или сходный с ним содержится в последовательностях. Проверка предположения показала, что в некоторых последовательностях данный мотив находится на большом расстоянии от старта трансляции. Вследствие чего, можно сделать вывод, что данные результаты плохие. Таким образом, для поиска хорошего мотива стоит ограничить длину интервала до [-16;0] и длину мотива - до 6, и запусить Meme еще раз. |