Седьмой семестр
	Интересно и полезно		Главная	Семестры	Ссылки	О себе

Сравнение доменов SCOP/SCOPe, ECOD, CATH и Pfam Для этого практикума был выбран комплекс транспортного белока Raт-GDP и белок ядерной поры Nup-153. (PDB ID 3gj8). БД Pfam На вход была подана последовательность, в результате было обнаружено 6 доменов: два принадлежат семейству Ras family, еще 4 принаджежат семейству Zn-finger in Ran binding protein and others. Данные представлены в Таб.1 и на Рис.1 Таб.1 Распределение доменов в комплексе 3gj8 Рис.1 Наглядное представление доменов в комплексе 3gj8 SCOPE Было найдено 4 домена, по количеству цепочек.(Смотри Рис.2). Данные о доменах представлены с следующих ссылках: 1,2 Изображения доменов представлены в Рис.3 и Рис.4 Рис.2 Наглядное представление доменов в комплексе 3gj8 Рис.3 Наглядное представление домена GTP-binding nuclear protein ran в комплексе 3gj8 Рис.4 Наглядное представление домена Nuclear pore complex protein Nup153 в комплексе 3gj8 CATH Это база данных является на сегоднешней день самой популярной и удобной, но для данного белка не находится полной информации о всех доменах. B цепочках B и D был найден домен, но не идентифицирован. Для цепочкек A и C был найден домен, информация о котором представлена в Рис.5 Рис.5 Наглядное представление домена P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases в комплексе 3gj8 ECOD Данная база тоже нашла 4 домена соответственно цепочкам в пептиде.Информация на Рис.6 Рис.5 Распределение доменов в комплексе 3gj8