Восстановление кристалла из PDB файлаКристаллографичесике характеристики: Изображение части кристалла, содержимого ячейки из PDB файла и ряда соседних ячеек представленно ниже  Рис1.Изображение части кристалла, а имеено одной ячейки кристала Было найдено 4 зоны контакта между белками соседних ячеек (Рис.2). Данная связь осужествляется взаимодействием остатка Lys и Тирозина (Рис.3). Данные связи не отражают природные взаимодействия этих белков при олигомеризации.
Так как выбранный белок имеет две несимметричные субьединицы, то были найдены водородные взаимодействия между субьединицами. Иллюстрация данных связей представленна на Рисунке 4 и 5.
Cтранное расположение белковых цепей в структуре ДНК-белкового комплексаБыл взят комлекс гомеодомена и ДНК (3HDD).Интересно заметить, что рассматривая Рис. 6 складвается впечатление, что белок, находящийся около конца цепочки ДНК, свзявается с ней.  Рис.6 Комплекс гомеодомена и ДНК Для более детальногоиследования данной "странности" симетричны удвоением данной цепочки был получен рис 7. Можно заметить, что конецы ДНК липкие, и при образование симетричной структуры, образуется еще одна нуклеотидная пара. Были построены водородные связи между белком и цепью ДНК (Рис. 8). Рассматривая данные взаимодействия, можно заметить, что белок взаимодействует с ДНК из своей ячейки и с ДНК из соседней ячейки.
Два примера PDB файлов, асимметрическая единицы которых не совпадает с биологической единицейТеория : Ассиметрическая единица - это молекула, принадлежащая одной ячейке кристалла.Биологическая единица - это та структура белка, в которой он проявляет свою активность. Пример 1: 5LAL Структура дирегентного белка из растения Arabidopsis. Данный белок является гомо-три-мер.
Пример 2: 5FHY Структурный белок покровного слоя флагелят представлен на Рис 11. Данный белок является гомо-12-мер.
|
