Определение вторичной структурыДля данной работы была взята структура (PDB ID 3GJ8). Была определина вторичная структура данного белка с помощью программы Stride. Далее были выбраны 4 вторичные структуры, и провелось сравнение номеров аминокислот предсказанной и реальной структуры. По результам можно удверждать, программа с хорошей точностью определяет границы вторичных структур.
Далее с помощью программы SheeP была построенна карта одного из бета-листов в белка, участвующего в связывании с сахаром.На Рис.1 и Рис.2 представлена выдача программы.Данный бетта-лист состоит из антипараллельных тяжей 5 тяжей. На одном из сторон(показано желтым на Рис3) присутствуют гидрофобные остатки(68%), на другой стороне, показанной красным цветом, почти нет гидрофобных остатков.А значит именно "желтая" сторона обращена к гидрофобному ядру. На Рис.4 таже предстален розовым один из хребтов, находящийся на поверхности ядра. 
Рис1.Карта бета-листа, полученная из выдачи программы SheeP. 
Рис2. Изображение бетта-листа, выбранного для исследования. 
Рис3.Карта бета-листа, ображенная у гидрофобному ядру сторона изобрадена желтым, к наруже - красным.. 
Рис4. Изображение бетта-листа, розовым изображен один из хребтов. Далее для этой же структуры была Для участка бета-листа (3 тяжа, 4-5 гребней) нарисуйте схему водородных связей. Карту постройте на основании данных программы stride еще раз запущена программа Sheep с параметром beta-sheets detector выберете Original STRIDE.Выдача. Потом список водородных связей был получен с помощью консольной версии этой программы. Выдача. В результате были построенны водородные связи(Рис.5) Основная часть таких связей образована с помощью атомов кислорода и водорода (N-H ... O).  Рис5. Изображение водородных связей в бетта-листе. |