Совмещение структур
Были найдены четыре структурных гомолога транспортного белок RanGDP (PDB - 3GJ8)
С помощью программы PDBeFold было построенно выравнивание данных структур, изображенное на Рис.1. Данные о выбранных последовательностях содержаться в таблице1. Далее было сравнено
выравнивание последовательностей и структурное выравнивание.
 |  |
Рис.1 Структурное выравнивание, полученное с помощью программы PBDeFOLd. (3gj8-зеленый, 5cj2-синий, 5ciw-голубой, 4djt-желтый, 2x19-розовый) |
Таблица 1. Данные о структурах, выбранных о выравниваниях |
На Рис.2 и Рис.3 изображен несовпадающие участки выравниваний.(Красным прямоугольником показано несовпадающий участок). Чтобы точнее определить гомологии,
надо было рассмотреть изображение структурного выравнивания(Рис.4), что не было сделано, так как Java не хочет ничего скачивать. Будет показано на уроке.
 |  |
| Рис.3 Структурное выравнивание | Рис.4 Выравнивание последовательностей |
Для следующего задания было выбран домена T-клеточного рецептора 2f54(region ) и 2bnq (region ). C помощью программы SHEEP были построены карты бетта-листов)(Рис.5 и Рис.6 соответственно),
далее для выбранного бетта-листа было построенно совмещение(Рис7) с помощью следующих команд.
select 2f54, 2f54 and ( resi 100-101 or resi 112 or resi 5 ) and name ca
select 2bnq, 2bnq and ( resi 100-101 or resi 112 or resi 5 ) and name ca
pair_fit 2f54 , 2bnq
По данному рисунку можно заметить, что данные листы имееют почти одинаковую топологию, но
у бетта - листа белка 2f54 есть еще два бетта тяжа, которые не существуют у бетта- листа белка 2bnq. На риунках красные и желтые стороны не совпадают, так как эти данные были получены с помощью
разных версий программ.
 Рис.5 Карта бетта-листа 2bnq. >
 Рис.6 Карта бетта-листа 2f54.
 Рис.7 Структурное совмещение двух белков.
|