Матрицы аминокислотных замен. Карта локального сходства

1. Карта локального сходства двух полипротеинов

Для построения карты локального сходства были взяты последовательности с AC: P03300 (poliovirus) и P03306 (aphthovirus).

Карта локального сходства

Характеристики двух лучших выравниваний:

Характеристика	I	II
Identities	29%	37%
Positives	48%	51%
Length(poliovirus/aphthovirus)	614/643	276/262
Gaps	59	26
Score	250 bits(638)	157 bits(397)

Названия зрелых белков, к которым относятся соответствующие участки полипротеинов:

Выравнивание:	I	II
Poliovirus	Protease 3C, RNA-directed RNA polymerase	Protein 2C
Aphthovirus	RNA-directed RNA polymerase 3D-POL	Protein 2C

2. Сравнение веса выравнивания со случайным

ID 1	ID 2	Вес оптимального локального выравнивани	Медиана весов "случайных" выравниваний	Верхний квартиль весов "случайных" выравниваний	Пересчёт в биты	Вероятность
acca_ecoli	flif_bacsu	49.0	51.5	57	0,545	0,685
acca_ecoli	acca_bacsu	823.5	45.5	51.75	125,48	1,6856e-38

3. BLAST: поиск гомологов в банке

Характеристики двух лучших выравниваний:

ID(AC) находки	O34996.1(O34996)	P52026.2(P52026)
Организм	Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168>	Geobacillus stearothermophilus
Identities	60%	60%
Positives	77%	77%
Length(query/subject)	880/876	882/876
Gaps	8	10
Score	1077 bits(2784)	1065 bits(2753)
Expect	0	0