| Protein name* | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Flagellar M-ring protein | flif_ecoli | flif_bacsu | 475.5 | 25.3% | 45.8% | 90 | 17 |
| UvrABC system protein C | uvrc_ecoli | uvrc_bacsu | 994.5 | 38.7% | 55.6% | 44 | 13 |
| Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha | acca_ecoli | acca_bacsu | 814.5 | 51.1% | 66.0% | 14 | 4 |
| Protein name* | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Flagellar M-ring protein | flif_ecoli | flif_bacsu | 475.5 | 25.4% | 46.0% | 88 | 17 | 99,6% | 100% |
| UvrABC system protein C | uvrc_ecoli | uvrc_bacsu | 995.5 | 38.8% | 55.7% | 44 | 13 | 99,8% | 99,8% |
| Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha | acca_ecoli | acca_bacsu | 823.5 | 53.8% | 69.6% | 3 | 2 | 99,3% | 96,3% |
В результате применения программ выравнивания к негомологичным белкам, а именно uvrc_ecoli и acca_bacsu, вес выравнивания был более чем в 10 раз отличался от применения программ выравнивания к гомологичным белкам (56 у глобального и 60 у локального выравнивания). При этом вес локального выравнивания всё равно выше, чем вес глобального.
Количество гэпов в глобальном выравнивании было порядка 2/3 всего выравнивания, в локальном - 1/3.
Показатели идентичности и сходства также упали в 2-3 раза.
Для множественного выравнивания мною была выбрана мнемоника acca. Нашлось белков с такой мнемоникой - 462. Выбрал из них ACCA_STACT, ACCA_SERP5, ACCA_AGRRK, ACCA_RHIL3, ACCA_CITK8.
Белки хорошо выровнялись, все они, по моему мнению, гомологичны, так как имеют строго консервативные участки: PEGYRKA (позиции 134-140), VIGEGGSGGA (позиции 196-205), YSVISPEG (позиции 222-229) и т.д. Из этого следует,что они сходны по структуре и функциям.
Множественное выравнивание