java -jar /nfs/srv/databases/ngs/bezvita/Trimmomatic-0.38/trimmomatic-0.38.jar SE -phred33 SRR4240387.fastq TRI.fastq ILLUMINACLIP:adapteadapter.fasta:2:7:7 MINLEN:30
Ридов до чистки: 15032810 Ридов после чистки: 15021581 (99,93%) Удалено ридов: 11229 (0,07%)
velveth kmers/ 29 -short -fastq TRI.fastq
N50 = 3375
Длины трёх самых длинных контигов | Покрытие |
---|---|
15403 | 69.812637 |
14644 | 60.799374 |
12726 | 66.184822 |
Аномально малое покрытие - 1.275862. Длина данной последовательности - 29, маловероятно, что он имеет отношение к геному
Аномально высокое покрытие - 301.111115. Длина данной последовательности - 72, маловероятно, что он не имеет отношение к геному
Контиг | Координаты участка хромосомы | Характеристики выравниваний |
---|---|---|
1 | 599832-604795; 611229-614634 | Score(bits) = 3051; 1092; 1242; 209, Gaps = 172; 3; 63; 2 |
2 | 573092-582686; 584329-587055 | Score(bits) = 3253; 1279, Gaps = 461; 108 |
3 | 500370-508388; 496111-500325 | Score(bits) = 3864; 1927, Gaps = 315; 154 |
Результаты выравнивания Blast (megablast):
I Контиг:
II Контиг:
III Контиг: