PDB ID структуры - 5RNF
В практикуме 1 рассматривались взаимодействия лиганда 1-ацетил-N-метил-N-фенилпиперидин-4-карбоксамида (UPJ) с белком.
Ниже показаны взаимодействия лиганда, полученные с помощью Poseview
Взаимодействие с глицином-143, представленное на диаграмме, не было упомянуто в практикуме 1. Также в структуре, изображённой в Proteins.Plus, отсутствует ковалентная связь с цистеином, которая была показана в Pymol.
Изображение отличительного взаимодействия в Pymol показано ниже
На рисунке видно, что азот глицина-143 находится на комфортном расстоянии от кислорода, но геометрия данного взаимодействия далека от идеальной. Также серин-46, изображённый на диаграмме, в Pymol находится на некотором отдалении от лиганда.
Из этого можно сделать вывод, что при выявлении потенциально взаимодействующих остатков экспертный взгляд не менее важен, чем выдача различных программ.
Поскольку структура является комплексом антитела с пептидным антигеном, постараемся найти такую аминокислоту, которая имеет много связей с атомами белка, по возможности минимизируя параметр strain и максимизируя вероятность встретить ротамер в PDB.
Здесь в месте бокового радикала предположительной аминокислоты видно большое количество полярных групп, с которыми можно образовать водородную связь. Большие аминокислоты (trp, his, lys, arg и т.п.) стерически плохо подходят. Малые аминокислоты (asp, asn, ser, cys и т.п.) образуют мало связей и пустоты, в которых должна быть вода, которой нет. Аминокислоты glu и gln плотно контактируют с белком и образуют с ним водородные связи. Но именно 3й ротамер глутамина образует водородные связи с лучшей геометрией, чем глутамат, он имеет strain=23.08 и вероятность встречи в PDB = 9.1%
Здесь в месте бокового радикала видно большое количество молекул воды, что исключает присутствие гидрофобных аминокислот. Вода и боковой радикал аргинина не предполагают большого бокового радикала. 1й ротамер аспартата образует водородные связи с аргинином и водой, имеет strain=14.39 и вероятность встречи в PDB = 40.6%