| |
|
|
Пространственная структура GLVA_BACSU (PDB ID 1u8x)
Заголовок структуры: HYDROLASE
Название структуры: 6-PHOSPHO-ALPHA-GLUCOSIDASE
В документе представлены следующие цепи макромолекул:
| Идентификатор цепи | Число остатков | Название молекулы | Комментарии |
| X | 445 | MALTOSE-6'-PHOSPHATE GLUCOSIDASE | |
В документе представлены следующие низкомолекулярные вещества:
| ID | Название | Формула | Число молекул | Комментарии |
| MSE | SELENOMETHIONINE | C5 H11 N O2 SE | 16 | |
| G6P | ALPHA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE | C6 H13 O9 P | 1 | |
| MN | MANGANESE (II) ION | MN 2+ | 1 | |
| NAD | NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE | C21 H27 N7 O14 P2 | 1 | |
| HOH | WATER | H2 O | 162 | |
Пройдя по следующим ссылкам, вы можете ознакомиться со
структурой белка в RasMolи
скриптом для RasMol.
| Форма белка GLVA_BACSU похожа на сердце.
|
Характерные размеры:
Радиус белка около 40 А
Distance ASN169X.CB-GLU307X.OE:40.06
|
|
Апроксимирую свой белок сферой.
Объем всей молекулы будет равен объему шара радиуса 40 А.
Объем: 267946,7А^3.
При аппроксимировании клетки Escherichia coli
цилиндром r=0.5µm и h=2µm её объем = 1.57*10^12А^3.
Тогда в клетку поместится число молекул, равное
отношению названных объемов,то есть = 5859374,271 штук.
Чтобы решить, сколькими молекулами
будет представлен каждый белок, делим
5859374,271 на 4400, получаем1331,68 молекул.
Задача про видимость в микроскопе.
Разделим длину световой волны на длину молекулы,
средняя длина световой волны 600 нм,
предел разрешения светового микроскопа 300 нм,
соответственно, мы увидим объект, если его
площадь 9*10^4 нм = 9*10^6 А.
площадь моего белка 5024 А (площадь круга радиуса 40А)
значит видимыми будут 9000000/5024=1792 молекулы белка.
|
Третья аминокислота моего белка - лизин -
выделяется в RasMol из всей молекулы протеина
командой: restrict LYS3:X.
|
Лизин в ACD ChemSketch и
Лизин в RasMol
Молекулы выглядят различно из-за того, что в ChemSketch
создается только эскиз молекулы и, не учитывается влияние
друг на друга атомов, а в RasMol лизин входит в состав белка
и на него влияют еще и соседние молекулы, он учавствует в
различных типах взаимодействий и это обуславливает его форму,
кроме того на приведенной картинке он отображается шариковой,
а не шарнирной моделью.
|
|
