Занятие 12: карта Рамачандрана

      Таблица. Измерение торсионных углов остатка ILE10 в белке GLVA_BACSU, цепь Х

Название
двугранного
угла 		Угол определяется по координатам атомов
(обращение к атому в соответствие с синтаксисом RasMol,
в скобках – название атома) 		Данный угол описывает
поворот вокруг связи 		Результат измерения
с помощью RasMol
φ
  1. VAL9:X.C (карбонильный углерод 9-го остатка цепи Х)
  2. ILE10:X.N (атом азота аминогруппы 10-го остатка цепи Х)
  3. ILE10:X.CA (&alpha-атом углерода 10-го остатка)
  4. ILE10:X.C (карбонильный углерод 10-го остатка цепи Х)
 N9 - C&alpha10 -94.30
ψ
  1. ILE10:X.N (атом азота аминогруппы 10-го остатка цепи Х)
  2. ILE10:X.CA (&alpha-атом углерода 10-го остатка)
  3. ILE10:X.C (карбонильный углерод 10-го остатка цепи Х)
  4. ALA11:X.N (атом азота аминогруппы 11-го остатка)
 C&alpha10 - C10 112.04
ω
  1. ILE10:X.CA (&alpha-атом углерода 10-го остатка)
  2. ILE10:X.C (карбонильный углерод 10-го остатка цепи Х)
  3. ALA11:X.N (атом азота аминогруппы 11-го остатка)
  4. ALA11:X.CA (&alpha-атом углерода 11-го остатка)
 C10 - N11 172.73
Изображение, иллюстрирующее определение угла φ

Здесь можно ознакомиться со скриптом для создания данной картинки
Карты Рамачандрана

На карте изображены все остатки белка(темным), из них дополнительно выделены остатки пролина(красным) и глицина(зеленым).


На карте изображены все остатки белки(темным), те из них, которые входят в альфа-спирали дополнительно выделены красным, а те, кто в бета-листы зеленым.