| |
|
|
Общее описание вторичной структуры белка GLVA_BACSU цепи Х
| количество спиралей
|
количество β-тяжей
|
количество реверсивных поворотов
|
| 19
|
21
|
40
|
| В моем белке есть участки с чередованием α и β- структур,
но в большенстве случаев они располагаются неупорядоченно, поэтому
я бы отнесла его к α+β белкам.
|
 |
Для исследования выбраны элементы вторичной структуры:
α-спираль 43-62 (номера а.о),
антипараллельная пара β-тяжей 194-200 и 203-210 (номера а.о)
параллельная пара β-тяжей 6-11 и 34-40 (номера а.о)
β-поворот 414-419 (номера а.о).
α-спираль 43-62 (номера а.о)
Паттерн водородных связей Н(i,i+4), но от кислорода 50 остатка почему то идет две
водородные связи к азоту 53 и 54 остаткаов, а от азота 53 остатака к кислороду 49 и 50 остаткаов
- возможно программа отображает лишнюю связь между 50 и 53 остатками.
β-углероды расположены по спирали и в направлении к N-концу.
Скрипт для альфа-структуры
β-тяжи
Здесь представлеы три параллельных β-тяжа моего белка.
Паттерн водородных связей Н(i,i+30). β-углероды выходят
перпендикулярно плоскости листа поочередно вверх и вниз.
реверсивный поворот
выбранный поворот:Lys415Thr416Val417Pro418
в данной петле нет водородных связей
|
