Создание паттернов аминокислотных последовательностей
| Характеристика паттерна |
Паттерн |
В скольких последовательностях банка Swiss-Prot
найден мотив, удовлетворяющий паттерну? |
Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены? |
| Фрагмент последовательности |
SSRKEMKVRYYGLNHFG |
1 |
найден только мой белок |
| Сильный |
[DRSKQE]-[PDFLS]-x(0,1)-[TGDEK]
-[SENDQ]-[LVM]-[RDSFKT]-[YLVI]-[RIKM]-[CAY]-
[ASGY]-G-[IL]-N-H-x(0,2) |
9 |
найдены белки только из выравнивания |
| Слабый |
-x(4,5)-[LVM]-x(3)-[CAY]-[ASGY]-G-[IL]-N-H-x(0,2) |
15 |
все |
Мой белок содержит один крупный консервативный домен, поэтому там довольно
сложно вычленить небольшой фрагмент,где консервативная часть составляла бы
меньше половины. Для работы я взяла
фрагмент, обведенный в рамку.
При составлении слабого паттерна я остановилась на варианте, предлагающем 15
последовательностей, так как при последующем ослаблении предлагалась уже 41
(это при том, что BLAST, используя базу Swiss-Prot предлагает всего 31 похожую
последовательность, из которой только 17 гомологи).
Все описанные в PROSITE мотивы в заданном белке GLVA_BACSU
| Идентификатор документа PROSITE (AC) |
Название мотива |
Краткое описание мотива |
Тип подписи (паттерн, профиль) |
Паттерн (регулярное выражение) |
Специфична ли подпись? |
Сколько мотивов нашлось в белке? |
| PS01324 |
GLYCOSYL_HYDROL_F4 |
Гликозил-гиролазы 4 описанного семейства |
паттерн |
[PS]-x-[SAC]-x-[LIVMFY](2)-[QN]-x(2)-N-P-x(4)-[TA]-x(9,11)-[KRD]-x-[LIV]-[GN]-x-C |
специфична |
1 |
| PS00004 |
CAMP_PHOSPHO_SITE |
Сайт цАМФ-и цГМФ-зависимой протеинкиназы фосфорилирования |
паттерн |
[RK](2)-x-[ST] |
неспецифична |
1 |
| PS00008 |
MYRISTYL |
Сайт N-миристоилирования |
паттерн |
G-{EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P} |
неспецифична |
4 |
| PS00006 |
CK2_PHOSPHO_SITE |
Сайт казеин киназы II фосфорилирования |
паттерн |
[ST]-x(2)-[DE] |
неспецифична |
7 |
| PS00001 |
ASN_GLYCOSYLATION |
Сайт N-гликозилирования |
паттерн |
N-{P}-[ST]-{P} |
неспецифична |
3 |
| PS00005 |
PKC_PHOSPHO_SITE |
Сайт фосфорилирования протеинкиназы С |
паттерн |
[ST]-x-[RK] |
неспецифична |
3 |
| PS00007 |
TYR_PHOSPHO_SITE |
Сайт фосфорилирования тирозинкиназы |
паттерн |
[RK]-x(2)-[DE]-x(3)-Yor[RK]-x(3)-[DE]-x(2)-Y |
неспецифична |
1 |
