Задание 1
Данное множественное выравнивание малых дельта-антигенов получено с помощью программы Muscle
и импортировано в GeneDoc.
Синий цвет - 100% консервативная позиция. Зеленый - 90%, фиолетовый - 75%.
Звездочка - позиция нечетного десятка, большая буква - полностью консервативная позиция, маленькая -
большинство остатков в колонке совпадают, цифры - остатки отосятся к одной функционально-консервативной группе.
Задание 2
Набор анализируемых белков: sw:GLVA_BACSU sw:MALH_CLOAB sw:MALH_FUSMR sw:AGLB_KLEPN sw:GLVG_ECOLI sw:BGLT_THEMA sw:AGAL_SALTY sw:PALH_ERWRD sw:AGAL_RHIME
С первого взгляда из всего выравнивания своим длинным "хвостом" выделяется AGAL_RHIME, GLVG_ECOLI же,
наоборот подозрительно короткая, но согласно программе BLAST оба они являются гомологами моего белка.
Первые две сотни остатков во всех белках довольно консервативны, особенно 6-27 (в общей нумераци) и 6-26(в моем белке) у нижних
пяти белков, 77-92(76-91 в моем белке) и 99-110,113-212(94-107,108-206 для моего белка) - нижняя пятерка выделется почти полным соответствием,а вот дальше
стольследует большое число гэпов, консервативных участков уже нет, последовательность GLVG_ECOLI вообще заканчиватся,
поэтому я считаю, что далее выравнивание вряд ли несет биологический смысл.
Функционально-консервативные группы:
Чаще всего встречаются остатки G,N,L,P. Наиболее часто по сравнению с другими поворяется группа V-I-L.
При добавлении новой функциональной группы появилась консервативная позиция 113 (111 в моем белке).