Отчет к занятию.

Задание 1.

Доменная структура белка GLBA_BACSU по данным Pfam
Cхема из Pfam: домен Glyco_hydro_4 найден без С-конца (скорее всего это недостаток обнаруживающего метода)
Пояснения к схеме
№	Pfam AC	Pfam ID	Полное название семейства доменов (по-русски! и желательно с кратким пояснением)	Положение в последовательности белка XXXX_BACSU	Клан
1.	PF02056	Glyco_hydro_4	Семейство доменов названо по названию фермента 4-гликозилгиролазы.	7–187	Клан NADP_Rossmann (CL0063), содержит 154 семейства.
2.	PF11975	Glyco_hydro_4C	Семейство доменов названо по названию С-терминального домена фермента 4-гликозилгиролазы.	191–417	Клан LDH_C (CL0341), содержит всего 2 семейства.

Задание 2. Описание домена Glyco_hydro_4C

Мой домен входит в 4 разных архитектуры:
Последовательность известна для 8 белков.
Для 6 из этих белков определена пространственная структура.
Выравнивание "seed" фрагментов белков, соответствующих домену
Домен состоит из 5 консервативных участков, уовлетворяющих всем критериям, я думаю, с учетом этого можно говорить о гомологичности доменов данных белках.

Задание 3. Описание доменной структуры моего белка.

Представленность домена PF02056 в организмах разных видов

Таксон		Количество белков с доменом PF02056.
Эукариоты	Зеленые растения	1
	Грибы	1
	Животные	0
	Остальные эукариоты	0
Археи		17(у 9 видов)
Бактерии		1127(у 601 вида)
Вирусы		0

Представленность домена PF11975 в организмах разных видов

Таксон		Количество белков с доменом PF11975.
Эукариоты	Зеленые растения	0
	Грибы	1
	Животные	0
	Остальные эукариоты	0
Археи		17(у 9 видов)
Бактерии		1125(у 597 видов)
Вирусы		0

Как видно из таблиц, почти не встречаются у эукариот и архей. Также примечательно, что количество белков, в которых встречаются данные домены почти одинаково во всех царствах. Это наталкивает на мысль, что чаще всего они встречаются именно в этой архитектуре.

Задание 4.

Представленность изучаемых доменов в белках ***Bacillus subtilis***
№	PFAM ID	Bacillus subtilis
1.	PF02056	4 белка
2.	PF11975	4 белка

Все четыре белка несут одинаковую архитектуру, состоящую только из двух данных доменов (т.е. в обеих строках таблицы указаны одни и те же 4 белка.), мой белок так же соответствует данной архитектуре.
Картинки указывают,что белок D4G0A8_BACNA,в отличие от остальных, содержит C-конец домена PF02056, но я полагаю отсутствие его у остальных трех недостатком обнаруживающего метода, поэтому отношу все белки к одной архитектуре.

Задание 5.

Домены PF02056(Glyco_hydro_4) и PF11975(Glyco_hydro_4C) встречаются всего в 4 архитектурах, причем чаще всего они "сцеплены" вместе:
AGAL_BACSU
Реже каждый из них может встретиться по одиночке:
A8S871_9FIRM
GLVG_ECOLI
В A4EAF7_9ACTN похоже произошла дупликация части домена PF11975(Glyco_hydro_4C):

А в D2DIQ1_9BACT оба домена с С-конца входят в состав очень сложной архитектуры:

Задание 6.

Самый короткий мотив IPR001088 Glyco_hydro_4.Описан в Pfam и в PRINT. Тип распознающего правила Family.
Самый длинный мотив IPR015955 Lactate_DH/Glyco_Ohase_4_C. Описан в Gene3D и в SuperFamily. Тип распознающего правила Domain.

Эволюционные домены. БД Pfam, InterPro.