Поиск в геноме участков, кодирующих белки, похожие на заданный

1. Поиск гомологов белка GLVA_BACSU в геноме L. monocytogenes

Число находок с E-value < 0,001

 2

E-value лучшей находки

2e-57

Название последовательности с лучшей находкой

embl|AL591975|AL591975 Listeria monocytogenes strain EGD, complete genome, segment 3/12

Координаты лучшей находки (от-до)

196970 - 195675

Процент последовательности белка, вошедшей в выравнивание с лучшей находкой

97.1%=(442-4+1)/452

2. Нахождение записи EMBL по последовательности программой BLASTN


a) Данная мне запись присутствует в последовательности EM_PRO:CP001918 (Enterobacter cloacae subsp. cloacae ATCC 13047, complete genome.)
б) Координаты 5216061-5215882, причем последовательность комплиментарна участку в самой записи.
в) Моя последовательность включена в участок ECL_05077(5214964..5216241),т.е. направление последовательности совпадает с направлением записи.

1. Поиск гомологов гена программой BLASTN

Число находок с E-value < 0,001

 0

E-value лучшей находки

0.27

Название последовательности с лучшей находкой

embl|AL591973|AL591973 Listeria monocytogenes strain EGD

Координаты лучшей находки (от-до)

155278 - 155261

Процент последовательности гена, вошедшей в выравнивание с лучшей находкой

1.13%=(19-2+1)/1350
К моему удивлению результаты поиска кардинально отличались от поиска по последовательности белка. Несмотря на то, что находок больше (в параметрах я не указывала evalue), по результатам все находки значительно превышают значение 0, 001, установленное в предыдущем поиске.
Это объясняется тем, что программой нашлись только хиты (сегменты генома).