EnsEMBL
Первое впечатление: встречают, как говорится, по одежке - при загрузке страницы порадовало довольно скромное, выдержанное оформление сайта. Неброские цвета создают рабочую обстановку, а то, что страница визуально состоит из блоков (имею ввиду неброские рамки), в каждом из которых своя тема значительно облегчает восприятие.
Верхнее горизонтальное меню включает ссылки на различные программы (BLAST/BLAT, BioMart, Tools etc.) - тоесть их не нужно искать по всему сайту.
Портал предоставляет возможность зарегистрироваться и не прячет окошко поиска (Search находится в первом же блоке), а возможность выбрать вид, в котором искать - это по-дружески!
А еще есть возможность работы с базой данных отдельного вида (даже предлагают кликнуть, чтобы перейти на отдельную страничку).
Отдельный блок раскрывает перед нами возможности пользователя на этом сайте (как загрузить; с помощью чего загрузить; для каких целей можно использовать и т.п.)
Ниже расположенный блок информирует нас о 64 релизе.
И наконец (на десерт), предоставляются ссылки на Европейский Биоинформатический Институт и Институт Сэнгера
Я человек не из догадливых, но EnsEMBL показался мне достаточно удобным и легко понимаемым сервисом,
предоставляющим возможность разобраться в нем и достичь желаемого результата.
Search
В результате поиска по запросу HLA-92 (в человеке) нашлось 15 генов и 14 транскриптов.У каждой находки есть 2 ссылки: на локацию в хромосоме и на описание гена/транскрипта.
Перешла по ссылке BLAST/BLAT и искала через BLASTN фрагмент последовательности данного мне псевдогена (который получали в первом домашнем задании по блоку). Получила следующие результаты:
Для каждой находки есть своя страница ContigView
Клик мыши по полю картинки вызвает всплывающие окна (смена локализации, зум, переход по той или иной записи) Кнопка в правом нижнем углу позволяет экспортировать изображение.
Ниже лежащая картинка оказалась с детальной информацией о регионе хромосомы (возможности ее визуализации совпадают с предыдущей).
Она позволяет, например, увидеть ближайших соседей, для моей находки это, скажем, HLA-L или HCG-17, причем согласно легенде среди них можно выделить разные типы,
например, псевдогены серые, а процессирующиеся синие.
Самая нижняя картинка - показывает все транскрипты моей находки и ближайших ее соседей, а также выравнивающиеся с ними кДНК баз данных NCBI RefSeq и ENA (честно скажу, о последнем
без помощи преподавателя я бы не догадалась). Картинка также иллюстрирует GC-состав этого участка и очки консервативности для каждой его п.н.
и выровнявшиеся с ним белки из Uniprot.
Слева сайт предоставляет путеводитель по результатам, откуда можно узнать о данных сравнительной геномики, вариации генов и посмотреть на другие геномные браузеры.
Сравнение
В UCSC опции визуализации вынесены как отдельные кнопки. При переходе на него по ссылке он не предоставляет тех 8-ми находок, а сразу как будто рассматривает HLA-B (опять же, почему?)В целом: картинка мельче, надписей больше, разобраться что к чему крайне сложно...
Перехожу по NCBI и раз - все из горизонтального в вертикальное, но разобраться оказалось еще проще, чем в EnsEMBL: все четко подписано, ничего лишнего, правда отличаются названия аналогичных функций, и самих функций немного больше.
Vega как будто этот же EnsEMBL, только цвета поменяли и сверху всего 2 ссылочки оставили... Как нам объяснили (уже позже) его уская специализация напрямую связана с его целью - размещению результатов проекта "HAVANA" по ручной аннотации геномов позвоночных.